IGBMC

RECRUTEMENT


Un des tout premiers centres de recherche européens en biomédecine, l'IGBMC se consacre à l'étude du génome des eucaryotes supérieurs et au contrôle de l'expression génétique ainsi qu'à l'analyse de la fonction des gènes et protéines. Ces connaissances sont appliquées à l'étude des pathologies humaines comme le cancer et les maladies génétiques.

Role De Complexes Coactivateurs Dans La Transcription Par L'Arn Polymerase Ii

Reference : PhD Student

Directeur de Thèse : DEVYS DIDIER

 

La régulation précise des programmes d’expression des gènes est essentielle pour la majorité des processus cellulaires. La transcription des gènes codant pour les protéines par l’ARN polymérase II (Pol II) fait intervenir un très grand nombre de protéines qui vont coordonner le recrutement de la Pol II sur les
promoteurs et l’initiation de la transcription. Les complexes co-activateurs relaient l’activité des activateurs qui se fixent sur des séquences spécifiques d’ADN pour induire un profil spécifique d’expression des gènes. Le complexe
SAGA (Spt–Ada–Gcn5 acétyltransférase) est un co-activateur multifonctionnel avec des activités de modification d’histones (acétylation et désubiquitination) et la capacité d’interagir avec la TATA-binding protein (TBP) facilitant ainsi l’initiation de la transcription.

 

Ce complexe a été hautement conservé au cours de l’évolution avec une composition et une structure similaire de la levure aux mammifères. Des analyses réalisées sur des ARN totaux chez S. cerevisiae suggèrent que SAGA serait nécessaire pour la transcription d’environ 10% des gènes chez la levure.
Ce modèle est remis en cause par nos observations montrant que SAGA acétyle l’histone H3 sur tous les promoteurs actifs et désubiquitine l’histone H2B dans les régions transcrites de tous les gènes actifs. D’autre part, l’inactivation de SAGA réduit de façon globale le recrutement de la Pol II aux promoteurs
induisant une diminution majeure de la synthèse de tous les ARNm transcrits par la Pol II, comme l’a montré l’analyse d’ARN nouvellement synthétisés.

 

Le but de ce projet est de déterminer les activités de SAGA requises pour cette activité transcriptionnelle et les contributions relatives de chacune de ces activités. Ces études seront réalisées dans un premier temps dans la levure et confirmée ensuite dans des cellules mammifères. Les gènes codant pour
différentes sous-unités de SAGA seront inactivés et la transcription sera mesurée par la quantification d’ARN nouvellement synthétisés (RNA-seq) et par la mesure du recrutement de la Pol II (ChIP-seq). Par des approches similaires, nous étudierons comment les activités de SAGA sont coordonnées avec celles du facteur général de transcription TFIID pour réguler le recrutement de TBP et la formation du complexe d’initiation sur les promoteurs.

 

A l’issu de ce projet, nous espérons obtenir une vision détaillée du mode de recrutement de SAGA sur la chromatine et de ses interactions avec d’autres facteurs pour réguler la structure de la chromatine et l’assemblage de la Pol II.

 

Compétences

 

Connaissances générales en biologie moléculaire.
Connaissances approfondies sur la régulation de la transcription et les modifications de la chromatine. Maîtrise des techniques de bases de biologie moléculaire. Facilité d'intégration, capacité à travailler en équipe.

 

Expertises

 

Acquisition des techniques d'étude de la transcription et de la chromatine appliquées à l'ensemble du génome: ChIP-seq, RNA-seq, étude des ARN naissants (NET-seq..). Acquisition des méthodes d'analyse bioinformatique des résultats à grande
échelle de ces techniques. Capacité à planifier un projet de recherche et analyser les résultats.

Votre candidature

Date limite de candidature : 1 novembre 2017