IGBMC

RECRUTEMENT


Un des tout premiers centres de recherche européens en biomédecine, l'IGBMC se consacre à l'étude du génome des eucaryotes supérieurs et au contrôle de l'expression génétique ainsi qu'à l'analyse de la fonction des gènes et protéines. Ces connaissances sont appliquées à l'étude des pathologies humaines comme le cancer et les maladies génétiques.

Roles Des Facteurs De Réparation De L'Adn Xpa Et Xpf Dans La Régulation De L'Expression Des Gènes

Reference : PhD Student

Directeur de Thèse : LE MAY NICOLAS

 

L’expression différentielle des gènes dans les organismes multicellulaires détermine la spécificité des types cellulaires. L’initiation de la synthèse d’ARN messager des gènes codant pour des protéines par l’ARN polymérase II requiert également les facteurs généraux de transcription dont le recrutement et
l’activité sont contrôlés par l’environnement chromatinien au niveau des promoteurs et enhancers nécessitant la présence de nombreux cofacteurs.

 

Cependant, l’expression des gènes peut être perturbée par des attaques génotoxiques qui menacent l’intégrité du génome et nécessitent l’intervention de plusieurs mécanismes de réparation de l’ADN pour éliminer les dommages causés. Ceci implique une importante orchestration entre des processus aussi disparates que sont la transcription et la réparation de l’ADN. Une telle
interconnexion a été mise en évidence en montrant l’implication des facteurs de la voie de réparation par excision de nucléotides (NER) XPC, CSB, XPA, XPG and XPF-ERCC1 dans la transcription des gènes.

 

Ces facteurs NER contribuent à éliminer les lésions sur l’ADN générées notamment par les rayonnements UV ou des drogues dérivées du platine telles que le cisplatine. Après reconnaissance du dommage soit par XPC ou CSB/CSA,
TFIIH est alors recruté ouvrant l’ADN via ses activités  ATPase/Hélicase. Cet événement favorise alors le recrutement de XPA et RPA assistant l’expansion de la bulle d’ADN autour du dommage. Les endonucléases XPG and XPF-ERCC1
vont ensuite générer des coupures en 3’ et 5’ de la lésion respectivement libérant un oligonucléotide d’une trentaine de nucléotides qui sera combler par la machinerie de re-synthèse. Nous avons également montré que les facteurs NER sont recrutés de manière séquentielle et différente de la voie NER sur les promoteurs actifs régulant le remodelage de la chromatine associé à la transcription. Ainsi, XPG et XPF-ERCC1 sont requis pour induire des coupures et la démethylation de l’ADN au niveau du promoteur et du terminateur de RARβ2.

 

Ces deux modifications de l’ADN s’avèrent importantes pour recruter l’organisateur de chromatine CTCF qui va assurer la formation d’une boucle de chromatine entre le promoteur et le terminateur de RARβ2. Il a été également montré récemment que XPF s’associe aux promoteurs actifs via TFIID in vivo
facilitant les modifications de la chromatine durant le développement mammalien. Enfin, un complexe comportant XPC a été isolé dans les cellules souches embryonnaires fonctionnant en tant que co-activateur de Oct4/Sox2 fondamentaux pour assurer la pluripotence. De plus, XPC joue indépendamment
un rôle dans les PTMs d’histones liés à la transcription pour la mise en place d’un environnement chromatinien permissif.
La compréhension de leurs fonctions est un enjeu important du fait que des mutations de ces facteurs NER sont à l’origine de maladies génétiques telles que Xeroderma Pigmentosum (XP) caractérisée par de nombreux cancers. Les maladies associées aux facteurs NER mutés ont été dans un premier temps
défini comme un syndrome de la réparation de l’ADN lié à l’incapacité des cellules de patients d’éliminer les lésions sur l’ADN.

 

Cependant, plusieurs études ont suggéré ces dernières années que les phénotypes des patients XP provenaient également de dérégulations de la transcription. Une corrélation est désormais clairement établie entre une transcription défectueuse dans les
cellules de patients XP et les fonctions des facteurs NER dans le remodelage de la chromatine. Cependant, les rôles de certains facteurs NER plus particulièrement XPA et XPF restent encore peu connus voire inexplorés.

 

Ainsi ce projet a pour but de comprendre :

-le(s) rôle(s) de XPA et XPF associés à la transcription.
-l’étiologie des patients porteurs de mutations sur XPA ou XPF : en particulier l’impact des dérégulations des fonctions transcriptionnelles sur les pathologies associées.

 

Compétences

 

Biologie moléculaire et cellulaire
Notions en bioinformatique
Notions en approches pangénomique et protéomique
Notions en CRISPR Cas9

 

Expertises

 

La formation visera à acquérir une bonne connaissance de différents outils moléculaires, cellulaires et bioinformatiques permettant à terme d'identifier des complexes protéiques régulant la transcription et de caractériser leurs fonctions
à l'échelle du génome en conditions normales et pathologiques.
Finalement, cette formation permettra de développer un esprit de synthèse en analysant la grosse quantité d'information obtenue pour, à terme, identifier les perspective les plus pertinentes qui pourront être développées pour la suite du
projet.

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Date limite de candidature : 1 novembre 2017