IGBMC

RECRUTEMENT


Un des tout premiers centres de recherche européens en biomédecine, l'IGBMC se consacre à l'étude du génome des eucaryotes supérieurs et au contrôle de l'expression génétique ainsi qu'à l'analyse de la fonction des gènes et protéines. Ces connaissances sont appliquées à l'étude des pathologies humaines comme le cancer et les maladies génétiques.

Importance Fonctionnelle De La Composition De Tfiid Au Cours Du Développement Et De La Différenciation Chez La Souris

Reference : PhD Student

Directeur de Thèse : VINCENT STÉPHANE

Au cours du développement, la régulation de l'expression génétique contrôle le choix de destin cellulaire et la différenciation. Une étape clé de la transcription chez les Eucaryotes est la formation du complexe de pré-initiation (PIC) au niveau des promoteurs. Le PIC a été essentiellement étudié in vitro dans des lignées cellulaires peu représentatives de la diversité cellulaire des Eucaryotes Supérieurs, et peu de choses sont connues concernant sa composition au cours du développement. Des études in vitro ont montré que TFIID est le facteur général de transcription qui initie l'assemblage du PIC et permet le positionnement correct de l'ARN polymérase II (ARN pol II) sur le site d'initiation de la transcription. Dans sa forme canonique chez les Eucaryotes supérieurs, TFIID est composé de TBP (TATA-binding protein) et de 13 TAFs (TBP-associated
factors). La plupart des TAFs sont des sous unités structurales et partagent un domaine HFD (Histone Fold Domain) indispensable à la formation d'hétérodimères. En particulier, TAF10 s'hétérodimérise avec TAF8 ou TAF3 et ces interactions sont indispensables pour l'import nucléaire de TAF10 dépourvu
de séquence de localisation nucléaire. Une diversité dans la composition de TFIID existe du fait de l'absence de certaines unités ou la présence de paralogues et de TAFs exprimés spécifiquement dans certains types cellulaires mais la signification biologique de cette variabilité n'est pas encore clairement établie.

 

Le but de ce sujet de thèse est d'analyser l'importance fonctionnelle de la composition de TFIID et de ses sous unités au cours du développement et de la différenciation chez la souris. Le candidat se focalisera sur les sous unités TAF7, TAF8 et TAF10. TAF10 est aussi une sous unité du complexe transactivateur de la transcription SAGA, alors que TAF7 et TAF8 sont spécifiques de TFIID, TAF8 étant le partenaire
majoritaire de TAF10 au sein de TFIID.

 

Les objectifs du projet de thèse sont:

1 - Analyse de l'importance des sous unités TAF7, TAF8 et TAF10 dans l'assemblage de TFIID. Nous avons déjà montré que dans l'embryon et dans les cellules ES en prolifération, TAF10 est crucial pour l'assemblage de TFIID. Le candidat devra
caractériser l'importance des sous unités TAF7 et TAF8 dans l'assemblage de TFIID à l'aide de cellules ES permettant d'inactiver Taf7 et Taf8 conditionnellement, en réalisant des immunoprécipitations suivies d'analyse en spectrométrie de masse et des expériences de gel-filtration.

2 - Analyse de l'importance fonctionnelle des sous unités TAF7, TAF8 et TAF10 dans les cellules ES en prolifération
Les mutants nuls pour Taf7, Taf8 ou Taf10 meurent au moment de l'implantation. En particulier, la masse cellulaire interne des mutants Taf8 et Taf10 est fortement affectée alors que le trophoectoderme survit. A l'aide des cellules ES permettant l'inactivation conditionnelle pour ces gènes, le candidat
caractérisera le phénotype transcriptionnel en analysant la transcription et la dynamique de l'ARN pol II.

3 - Analyse de l'importance fonctionnelle des sous unités TAF7, TAF8 et TAF10 au cours de la différenciation. Nous avons récemment montré le mésoderme de la lame latérale (LPM) est plus sensible à la perte de TAF10 que le mésoderme paraxial. En particulier, les embryons mutants pour Taf10 dans le mésoderme sont caractérisés par une absence d'induction des bourgeons du membre alors que la segmentation est
initialement normale. Le candidat analysera le phénotype des embryons mutants conditionnels Taf7 et le comparera à celui des mutants conditionnels Taf10. En utilisant des protocoles de différenciation des cellules ES mutantes conditionnelles pour Taf7, Taf8 ou Taf10 en mésoderme paraxial ou en LPM, le
candidat étudiera la composition de TFIID en conditions normales ou en absence de TAF7, TAF8 ou TAF10 en réalisant des immunoprécipitations suivies d'analyse en spectrométrie de masse et analysera l'effet sur la transcription et la dynamique de l'ARN pol II.

 

Compétences

 

Le/la candidat/candidate devra avoir une expérience en culture de cellules ES et en biologie du développement, une bonne connaissance de la transcription. Il/ elle devra être capable de s'intégrer facilement et de travailler en équipe. Une expérience en RT-qPCR, ChIP-PCR et en analyses bioinformatiques de base est un plus.

 

Expertises

 

Au cours de cette thèse, le/la candidat/candidate acquerra une expertise en immunoprécipitations couplées à de spectrométrie de masse, en RNA-seq et ChIP-seq, en analyses bioinformatiques, dans la planification d'un projet de recherche et dans l'analyse critique des résultats.

Votre candidature

Date limite de candidature : 1 novembre 2017