IGBMC

RECRUTEMENT


Un des tout premiers centres de recherche européens en biomédecine, l'IGBMC se consacre à l'étude du génome des eucaryotes supérieurs et au contrôle de l'expression génétique ainsi qu'à l'analyse de la fonction des gènes et protéines. Ces connaissances sont appliquées à l'étude des pathologies humaines comme le cancer et les maladies génétiques.

Etude Structure-Fonction Du Ribosome Humain

Reference : PhD Bruno Klaholz

Le ribosome est une machinerie moléculaire qui traverse différentes phases, notamment l’initiation, l’élongation et la terminaison de la traduction des ARN messagers. La synthèse des protéines qui est catalysée par le ribosome est régulée par des facteurs protéiques qui se lient au ribosome de façon transitoire lors ces différentes phases. Au cours des dernières années, les structures tridimensionnelles de divers ribosomes bactériens ont été déterminées, ainsi que de certains eucaryotes, soit par cristallographie aux rayons-X soit par cryo microscopie électronique (cryo-EM).

 

Tout récemment, notre équipe est parvenue à purifier le ribosome humain sous forme très homogène et de déterminer sa structure tridimensionnelle à ~3 Å de résolution par cryo-EM (Khatter et al., Nature 2015; Natchiar et al., Nature 2017) ce qui représente une avancée scientifique et technique importante. La structure donne des informations inédites sur l’architecture détaillé du ribosome humain allant jusqu’au niveau de la visualisation des positions et conformation des chaines latérales des nucléotides et acides aminés des ARN et protéines ribosomales. Ceci ouvre un champ inédit de possibilités d’étude des mécanismes moléculaires de la synthèse des protéines dans le corps humain.

 

Deux questions clefs se posent et feront l’objet des études menées dans le cadre du projet de thèse: (i) quel est la base de la spécificité des interactions de ligands comme les antibiotiques qui permet de distinguer la cible bactérienne de la cible non-souhaitée humaine qui peut être vecteur d’effet secondaires lors de traitements anti-infectieux, et (ii) quels sont les mécanismes de régulation par des facteurs protéiques qui se lient au ribosome humain.

 

L’étude comprendra la préparation biochimique du ribosome et des facteurs, la reconstitution et caractérisation biophysique des complexes du ribosome humain et la détermination de la structure atomique par des méthodes de pointe (cryo microscopie électronique à haute résolution installée sur site, traitement d’image et reconstruction 3D de particules isolées, et affinement du modèle atomique par des méthodes d’affinement de structure utilisées en cristallographie, comme mis en place et décrit dans les publications Khatter et al., Nature 2015 et Natchiar et al., Nature 2017).

 

Ceci permettra de mieux comprendre le fonctionnement du ribosome humain et aura des retombés pour ledéveloppement d’antibiotiques. Le projet bénéficiera des plates-formes technologiques de Biologie Structurale et Génomique disponibles dans le cadre des infrastructures hébergées au Centre de Biologie Intégrative à l’IGBMC.

Compétences souhaitées (maximum 600 caractères, espaces et sauts de lignes compris) :

Le projet étant interdisciplinaire (approche par biologie structurale intégrative, nous pouvons accueillir un/une étudiant(e) venant de différents types de Masters, notamment biochimie, biologie moléculaire, bio-informatique, chimie, médecine, physique ou mathématique, dès lors que le/la candidat(e) est ouvert(e) à l’apprentissage de nouvelles technologies.

 

Expertises qui seront acquises au cours de la formation (maximum 600 caractères, espaces et sauts de lignes compris) :

Biochimie et caractérisation bio-physique des échantillons, enregistrement d’images à l’aide du nouveau microscope électronique cryo récemment installé, traitement d’image, affinement de modèles atomiques par des méthodes utilisées en cristallographie, intégration des données fonctionnelles.

Votre candidature

Date limite de candidature : 1 novembre 2018