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Plateformes technologiques

Bioinformatique

Située à l'interface entre la biologie, l'informatique et les statistiques, la plateforme propose un support bioinformatique aux projets des laboratoires de recherche. De la comparaison automatique de séquence protéiques et nucléiques, au développement de logiciels et banques, et à l'analyse de données "omics", la plateforme apporte des solutions qui répondent aux problèmes de traitement d'information de la biologie moderne.

  • Projets en cours

    - Développement d'un outil logiciel à interface graphique (IgCSRTool) pour la détermination automatique de régions de micro-homologies génomiques produites par la recombinaison de classes d'immunoglobulines chez l'humain et la souris.
    Compétences requises: programmation JAVA 6 sous interface de développement intégrée Netbeans 6.9)
    Personnel mobilisé: Laurent Bianchetti.
    - Analyse de données transcriptomiques (LongSAGE et Tag-seq) pour la caractérisation de l'infidélité de la transcription dans le cancer chez l'humain. Compétences requises: comparaison de séquences nucléiques, scripting Perl 5.8, programmation JAVA 6 et DBMS Sybase, statistiques sous R Personnel mobilisé: Laurent Bianchetti.
    - Etude de l'expression différentielle par RNA-seq chez un mutant Brachydanio rerio.
    Compétences requises: analyse de données issues du séquençage de nouvelle génération.
    Personnel mobilisé: Laurent Bianchetti.
    - Etude de la réponse transcriptionnelle induite par de petites molécules correctrices du défaut de transport de la protéine mutante ΔF-508 CFTR impliquée dans la mucoviscidose.
    Compétences requises: analyse de micro-array sur plate-forme Whole Genome Agilent 4x44, logiciel GeneSpring GX11.5 et R.
    Personnel mobilisé: Laurent Bianchetti.  

  • Collaborations

    - Hélène Dollfus (Laboratoire Physiopathologie des syndromes rares héréditaires, Strasbourg)  : « Classification des variants génétiques issus du séquençage haut débit »
    - Jean MULLER (IGBMC, LBGI) : « Classification des variants génétiques issus du séquençage haut débit »
    - Dr. Isabelle Robert et Dr Bernardo Reina-San-Martin (Equipe de biologie moléculaire des cellules B, Département de génomique fonctionnelle et cancer, IGBMC) : IgCSRTool
    - Dr. Olivier Poch (Laboratoire de Bioinformatique et Génomique Intégrative, IGBMC) : Infidélité de la transcription dans le cancer
    - Dr. Julien Vermot (Biologie du développement et cellules souches, IGBMC): RNA-seq Brachydanio rerio
    - Prof. David Y. Thomas (Université McGill, Montréal, Québec, Canada): Molécules correctrices du mutant ΔF-508 CFTR
     

  • Prix/Distinctions

  • Actualités

  • Publications

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