IGBMC : Institut de la Génétique et de la Biologie Moléculaire et Cellulaire

Plateformes technologiques

Bioinformatique

Située à l'interface entre la biologie, l'informatique et les statistiques, la plateforme propose un support bioinformatique aux projets des laboratoires de recherche. De la comparaison automatique de séquence protéiques et nucléiques, au développement de logiciels et banques, et à l'analyse de données "omics", la plateforme apporte des solutions qui répondent aux problèmes de traitement d'information de la biologie moderne.

• Site officiel de la plateforme Bioinformatique

• Projets en cours

  - Développement d'un outil logiciel à interface graphique (IgCSRTool) pour la détermination automatique de régions de micro-homologies génomiques produites par la recombinaison de classes d'immunoglobulines chez l'humain et la souris.
  Compétences requises: programmation JAVA 6 sous interface de développement intégrée Netbeans 6.9)
  Personnel mobilisé: Laurent Bianchetti.
  - Analyse de données transcriptomiques (LongSAGE et Tag-seq) pour la caractérisation de l'infidélité de la transcription dans le cancer chez l'humain. Compétences requises: comparaison de séquences nucléiques, scripting Perl 5.8, programmation JAVA 6 et DBMS Sybase, statistiques sous R Personnel mobilisé: Laurent Bianchetti.
  - Etude de l'expression différentielle par RNA-seq chez un mutant Brachydanio rerio.
  Compétences requises: analyse de données issues du séquençage de nouvelle génération.
  Personnel mobilisé: Laurent Bianchetti.
  - Etude de la réponse transcriptionnelle induite par de petites molécules correctrices du défaut de transport de la protéine mutante ΔF-508 CFTR impliquée dans la mucoviscidose.
  Compétences requises: analyse de micro-array sur plate-forme Whole Genome Agilent 4x44, logiciel GeneSpring GX11.5 et R.
  Personnel mobilisé: Laurent Bianchetti.  

• Collaborations

  - Hélène Dollfus (Laboratoire Physiopathologie des syndromes rares héréditaires, Strasbourg)  : « Classification des variants génétiques issus du séquençage haut débit »
  - Jean MULLER (IGBMC, LBGI) : « Classification des variants génétiques issus du séquençage haut débit »
  - Dr. Isabelle Robert et Dr Bernardo Reina-San-Martin (Equipe de biologie moléculaire des cellules B, Département de génomique fonctionnelle et cancer, IGBMC) : IgCSRTool
  - Dr. Olivier Poch (Laboratoire de Bioinformatique et Génomique Intégrative, IGBMC) : Infidélité de la transcription dans le cancer
  - Dr. Julien Vermot (Biologie du développement et cellules souches, IGBMC): RNA-seq Brachydanio rerio
  - Prof. David Y. Thomas (Université McGill, Montréal, Québec, Canada): Molécules correctrices du mutant ΔF-508 CFTR
   
  
  

• Prix/Distinctions

• Actualités

• Publications

  • Identification of an Alternative Splicing Product of the Otx2 Gene Expressed in the Neural Retina and Retinal Pigmented Epithelial Cells.

    Kole C(1,)(2,)(3), Berdugo N(1,)(2,)(3), Da Silva C(4), Aït-Ali N(1,)(2,)(3), Millet-Puel G(1,)(2,)(3), Pagan D(1,)(2,)(3), Blond F(1,)(2,)(3), Poidevin L(5), Ripp R(6), Fontaine V(1,)(2,)(3), Wincker P(4), Zack DJ(7), Sahel JA(1,)(2,)(3), Poch O(5), Léveillard T(1,)(2,)(3).

    PLoS One 17 mars 2016

  • Efficient strategy for the molecular diagnosis of intellectual disability using targeted high-throughput sequencing.

    Redin C(1), Gérard B(2), Lauer J(2), Herenger Y(2), Muller J(3), Quartier A(1), Masurel-Paulet A(4), Willems M(5), Lesca G(6), El-Chehadeh S(4), Le Gras S(7), Vicaire S(7), Philipps M(7), Dumas M(7), Geoffroy V(8), Feger C(7), Haumesser N(1), Alembik Y(9), Barth M(10), Bonneau D(10), Colin E(10), Dollfus H(11), Doray B(9), Delrue MA(12), Drouin-Garraud V(13), Flori E(9), Fradin M(14), Francannet C(15), Goldenberg A(13), Lumbroso S(16), Mathieu-Dramard M(17), Martin-Coignard D(18), Lacombe D(12), Morin G(17), Polge A(16), Sukno S(19), Thauvin-Robinet C(4), Thevenon J(4), Doco-Fenzy M(20), Genevieve D(5), Sarda P(5), Edery P(6), Isidor B(21), Jost B(7), Olivier-Faivre L(4), Mandel JL(22), Piton A(1).

    J Med Genet Nov 2014

  • Rfx6 is an Ngn3-dependent winged helix transcription factor required for pancreatic islet cell development

    Soyer J., Flasse L., Raffelsberger W., Beucher A., Orvain C., Peers B., Ravassard P., Vermot J., Voz M.L., Mellitzer G., Gradwohl G.

    Development 2010 2010

  • Multidimensional fitting for multivariate data analysis

    Berge C., Froloff N., Kalathur R.K., Maumy M., Poch O., Raffelsberger W., Wicker N.

    J Comput Biol May 2010

  • The disruption of the rod-derived cone viability gene leads to photoreceptor dysfunction and susceptibility to oxidative stress

    Cronin T., Raffelsberger W., Lee-Rivera I., Jaillard C., Niepon M.L., Kinzel B., Clerin E., Petrosian A., Picaud S., Poch O., Sahel J.A., Leveillard T.

    Cell Death Differ Jul 2010

  • [START domain-containing proteins: a review of their role in lipid transport and exchange.]

    Alpy F., Legueux F., Bianchetti L., Tomasetto C.

    Med Sci (Paris) Feb 2009

  • Analysis of the retinal gene expression profile after hypoxic preconditioning identifies candidate genes for neuroprotection

    Thiersch M., Raffelsberger W., Frigg R., Samardzija M., Wenzel A., Poch O., Grimm C.

    BMC Genomics 8 février 2008

  • RReportGenerator: automatic reports from routine statistical analysis using R

    Raffelsberger W., Krause Y., Moulinier L., Kieffer D., Morand A.L., Brino L., Poch O.

    Bioinformatics 15 janvier 2008

  • ADCK3, an ancestral kinase, is mutated in a form of recessive ataxia associated with coenzyme Q10 deficiency

    Lagier-Tourenne C., Tazir M., Lopez L.C., Quinzii C.M., Assoum M., Drouot N., Busso C., Makri S., Ali-Pacha L., Benhassine T., Anheim M., Lynch D.R., Thibault C., Plewniak F., Bianchetti L., Tranchant C., Poch O., DiMauro S., Mandel J.L., Barros M.H., Hirano M., Koenig M.

    Am J Hum Genet Mar 2008

  • The hypoxic transcriptome of the retina: identification of factors with potential neuroprotective activity

    Thiersch M., Raffelsberger W., Frigg E., Samardzija M., Blank P., Poch O., Grimm C.

    Adv Exp Med Biol 2008

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