GenomEast
GenomEast
RESPONSABLE DE PLATEFORME
Forts d'une expérience de plus de 20 ans, nous proposons une large gamme de services pour explorer les génomes, leur expression et leur régulation, du contrôle qualité des échantillons de départ jusqu'à l'analyse des données. Ces services sont destinés à l'ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée.
La plateforme est membre du noyau central de l'Infrastructure Nationale de Recherche France Génomique.
La plateforme est labellisée IBISA.
La plateforme est certifiée ISO 9001 - NF X 50-900.
Nos prestations
Nos prestations et nos recommandations sont détaillées dans les fiches produits ci-contre.
Actuellement équipés des séquenceur NextSeq 2000 Illumina et DNBSEQ-G400 de MGI, nous réalisons des projets d'analyse :
du transcriptome :
- RNA-seq
- small RNA-seq
- Single cell RNA-seq (scRNA-seq)
- Transcriptomique spatiale
de l'épigénome :
- ChIP-seq
- Cut & Run
- MeDIP-seq
- Nous avons également de l'expérience dans le séquençage de vos librairies ATAC-seq ou Cut & Tag
du génome :
- Régions ciblées du génome (exome, régions d'intérêts)
- Séquençage complet du génome
multiomique :
- Expression des gènes + ATAC en cellule unique
Pour ces projets, nous préparons et séquençons vos librairies en réalisant des contrôles qualité à chaque étape. Nous pouvons également réaliser l’analyse bioinformatique de vos données. Nous avons une expertise dans une grande variété d’applications et nous avons développé des pipelines bioinformatiques dédiés pour analyser les résultats correspondants.
Alternativement, vous pouvez utiliser notre capacité de séquençage pour séquencer vos propres libraires dans la mesure où elles sont compatibles avec la technologie Illumina.
Fiches produits
- Transcriptomique
- Epigénomique
Multiomique
- Génomique
Besoin d'aide pour le design de votre expérience ?
Consultez nos fiches produit ci-dessus ou nos schémas d’aide à la décision ci-après :
Protocoles de préparation de librairies
Séquençage
Caractéristiques de séquençage suggérées
Des questions ?
N’hésitez pas à nous contacter (prenom.nom@igbmc.fr) :
Pour les projets portant sur l’ARN : Christelle Thibault et Céline Keime
Pour les projets portant sur l’ADN : Bernard Jost et Stéphanie Le Gras
Soumettre un projet
Comment soumettre un projet à GenomEast ?
Via notre interface web
Quelle procédure suivre ?
Comment envoyer des échantillons à GenomEast ?
Tous nos services sont régis par les conditions générales de vente qui prévalent sur toutes les conditions d'achat, sauf accord écrit de notre part. Vous pouvez également consulter notre plan de gestion des données.
Formations
Nous partageons régulièrement nos connaissances et expertises à travers différents enseignements et formations, notamment :
L'UE « High Throughput Approaches » à l’Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS)
L’UE « Omique 2 » du Master 2 Biologie-Santé, parcours Recherche en Biomédecine à l’Université de Strasbourg
Le PhD Program de l’école Universitaire de Recherche IMCBio à Strasbourg
Le DU « Séquençage haut débit et maladies rares » à l'Université de Dijon
L'école de bioinformatique AVIESAN IFB Inserm
L’organisation de formations en bioinformatique pour le séquençage haut débit avec l’Inserm et le CNRS
Membres
Responsable de la plateforme
Christelle Thibault-Carpentier
Traitement des échantillons
- Bernard Jost (responsable)
- Marie Cerciat
- Amal El Amri
- Romain Kaiser
- Christelle Morgenthaler-Roth
- Damien Mouton
- Angélique Pichot
- David Rodriguez
- Serge Vicaire
Bioinformatique
- Céline Keime (responsable)
- Matthieu Jung
- Stéphanie Le Gras
- Damien Plassard
- Tao Ye
Ressources
La plateforme est équipée de technologies de pointes parmis lesquelles :
Le séquenceur haut débit NextSeq 2000 (Illumina)
Le séquenceur haut débit DNBSEQ-G400 (MGI)
La technologie en cellule unique du Chromium iX (10x Genomics)
La technologie spatial Visium CytAssist (10X Genomics)
Nos autres équipements:
- Séquençage haut débit : iSeq100 (Illumina)
- Nanofluidique haut debit : Chromium Controller (10X Genomics)
- Transcriptomique spatiale : GeoMx Digital Spatial Profiler (NanoString)
- Contrôle qualité : Flash Reader Varioskan et Qubit Fluorometer (Thermo Fisher), 2100 Bioanalyzer et Fragment Analyzer AATI (Agilent)
- Sonicateur : E220 AFA system (Covaris)
- Infrastructure informatique : calcul (Dell) : 304 cœurs, stockage (Lenovo, GPFS) : 750 To
Réseaux et financements
France Génomique
Notre plateforme est partenaire du réseau France Génomique depuis la sélection initiale du projet dans le cadre des « Investissements d'avenir » en 2011. Ce réseau rassemble et partage les ressources des principales plateformes françaises de génomique et de bioinformatique.
Fondation maladies rares
Depuis 2011, nous sommes l’une des plateformes partenaires de la Fondation Maladies Rares pour la réalisation du programme « GenOmics : séquençage à haut débit & maladies rares » visant à élucider les bases génétiques et moléculaires des maladies rares en s’appuyant sur le séquençage à haut débit.
CORTECS
Nous appartenons depuis 2021 au réseau CORTECS qui regroupe les Plateformes Scientifiques de Recherche et de Services de l’Université de Strasbourg en partenariat avec la SATT Conectus Alsace et les services du CNRS et de l'INSERM.
Notre plateforme a bénéficié d’un soutien financier de nombreux partenaires pour l’acquisition d’équipements et de technologies nécessaires à son développement et pour le financement de personnels, que nous remercions.
Nouvelles applications et technologies
Au cours des dernières années, nous avons acquis une solide expérience dans les technologies de séquençage pour cellule unique (prix « Expertises Recherche » 2021 de l’Université de Strasbourg). Nous continuons à implémenter de nouvelles applications chaque année. En parallèle, nous travaillons à la mise en œuvre de deux technologies de transcriptomique spatiale complémentaires, les technologies Visium de 10X Genomics et GeoMx de NanoString.
Publications
-
2023
-
Immune response of BV-2 microglial cells is impacted by peroxisomal beta-oxidation
- Ali Tawbeh
- Quentin Raas
- Mounia Tahri-Joutey
- Céline Keime
- Romain Kaiser
- Doriane Trompier
- Boubker Nasser
- Emma Bellanger
- Marie Dessard
- Yannick Hamon
- Alexandre Benani
- Francesca Di Cara
- Tânia Cunha Alves
- Johannes Berger
- Isabelle Weinhofer
- Stéphane Mandard
- Mustapha Cherkaoui-Malki
- Pierre Andreoletti
- Catherine Gondcaille
- Stéphane Savary
Frontiers in Molecular Neuroscience ; Volume: 16 ; Page: 1299314
-
MBD4 loss results in global reactivation of promoters and retroelements with low methylated CpG density
- Christophe Papin
- Abdulkhaleg Ibrahim
- Jamal Sabir
- Stéphanie Le Gras
- Isabelle Stoll
- Raed Albiheyri
- Ali Zari
- Ahmed Bahieldin
- Alfonso Bellacosa
- Christian Bronner
- Ali Hamiche
Journal of experimental & clinical cancer research ; Volume: 42 ; Page: 301
-
Molecular consequences of PQBP1 deficiency, involved in the X-linked Renpenning syndrome
- Jérémie Courraud
- Camille Engel
- Angélique Quartier
- Nathalie Drouot
- Ursula Houessou
- Damien Plassard
- Arthur Sorlin
- Elise Brischoux-Boucher
- Evan Gouy
- Lionel Van Maldergem
- Massimiliano Rossi
- Gaetan Lesca
- Patrick Edery
- Audrey Putoux
- Frederic Bilan
- Brigitte Gilbert-Dussardier
- Isis Atallah
- Vera M. Kalscheuer
- Jean-Louis Mandel
- Amélie Piton
Molecular Psychiatry
-
Dihydrofolate reductase activity controls neurogenic transitions in the developing neocortex
- Sulov Saha
- Thomas Jungas
- David Ohayon
- Christophe Audouard
- Tao Ye
- Mohamad-Ali Fawal
- Alice Davy
Development (Cambridge, England) ; Volume: 150 ; Page: dev201696
-
Mesenchymal-like Tumor Cells and Myofibroblastic Cancer-Associated Fibroblasts Are Associated with Progression and Immunotherapy Response of Clear Cell Renal Cell Carcinoma
- Guillaume Davidson
- Alexandra Helleux
- Yann Vano
- Veronique Lindner
- Antonin Fattori
- Marie Cerciat
- Reza T. Elaidi
- Virginie Verkarre
- Cheng-Ming Sun
- Christine Chevreau
- Mostefa Bennamoun
- Hervé Lang
- Thibault Tricard
- Wolf H. Fridman
- Catherine Sautes-Fridman
- Xiaoping Su
- Damien Plassard
- Céline Keime
- Christelle Thibault-Carpentier
- Philippe Barthelemy
- ...
Cancer Research ; Volume: 83 ; Page: 2952-2969
-
Characterization of circulating miRNA profiles of postpartum dairy cows with persistent subclinical endometritis
- Gonçalo Pereira
- Gilles Charpigny
- Yongzhi Guo
- Elisabete Silva
- Marta Filipa Silva
- Tao Ye
- Luís Lopes-Da-Costa
- Patrice Humblot
Journal of Dairy Science
-
Association Between Bruton's Tyrosine Kinase Gene Overexpression and Risk of Lymphoma in Primary Sjögren's Syndrome
- Pierre‐marie Duret
- Cedric Schleiss
- Lou Kawka
- Nicolas Meyer
- Tao Ye
- Alain Saraux
- Valérie Devauchelle‐pensec
- Raphaèle Seror
- Claire Larroche
- Aleth Perdriger
- Jean Sibilia
- Laurent Vallat
- Luc‐matthieu Fornecker
- Gaetane Nocturne
- Xavier Mariette
- Jacques‐eric Gottenberg
Arthritis & rheumatology ; Volume: 75 ; Page: 1798-1811
-
An Efficient Protocol for CUT&RUN Analysis of FACS-Isolated Mouse Satellite Cells
- Kamar Ghaibour
- Joe Rizk
- Claudine Ebel
- Tao Ye
- Muriel Philipps
- Valérie Schreiber
- Daniel Metzger
- Delphine Duteil
Journal of visualized experiments : JoVE ; Volume: 197 ; Page: 1-21
-
Epigenomic mapping identifies an enhancer repertoire that regulates cell identity in bladder cancer through distinct transcription factor networks
- Hélène Neyret-Kahn
- Jacqueline Fontugne
- Xiang Yu Meng
- Clarice Groeneveld
- Luc Cabel
- Tao Ye
- Elodie Guyon
- Clémentine Krucker
- Florent Dufour
- Elodie Chapeaublanc
- Audrey Rapinat
- Daniel Jeffery
- Laura Tanguy
- Victoria Dixon
- Yann Neuzillet
- Thierry Lebret
- David Gentien
- Irwin Davidson
- Yves Allory
- Isabelle Bernard-Pierrot
- ...
Oncogene ; Volume: 42 ; Page: 1524-1542
-
Hypoxia-inducible factor 1A inhibition overcomes castration resistance of prostate tumors
- Julie Terzic
- Mohamed Abu El Maaty
- Régis Lutzing
- Alexandre Vincent
- Rana El Bizri
- Matthieu Jung
- Céline Keime
- Daniel Metzger
EMBO Molecular Medicine
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