IGBMC : Institut de la Génétique et de la Biologie Moléculaire et Cellulaire

• Chercheurs

  Hinrich GRONEMEYER

  Marco Antonio MENDOZA PARRA

• Post-Doctorants

  Akinchan KUMAR

• Ingénieurs & Techniciens

  Alaa BADREDDINE

  Cathie ERB

  Michèle LIEB

  Samuel NICAISE

Génomique fonctionnelle et cancer

Biologie des systèmes des décisions du destin cellulaire dans les cellules normales et tumorales

Notre objectif est de comprendre les mécanismes et la dynamique de la transduction du signal, de (dé)régulation épigénétique et de la structure de la chromatine, qui coordonnent les programmes d'expression des gènes dans les cellules normales et cancéreuses. En s’appuyant sur notre expertise sur les récepteurs nucléaires, nous développons des technologies et des approches globales en biologie des systèmes pour identifier les profils transcriptomiques complets, les sites de liaison de facteurs de transcription, l’épigénome et la structure de la chromatine dans des échantillons de très petite taille. Nous utilisons ensuite des approches bioinformatiques pour identifier des réseaux de gènes et de points de décision dynamique qui coordonnent la programmation génique. Nos études incluent une multitude de technologies génomiques globales et la mise au point correspondante d’outils de bioinformatique.

En particulier notre équipe conduit des analyses intégratives des aberrations affectant la signalisation, l’épigénome, l’architecture de la chromatine et du transcriptome lors de la transformation oncogénique. Dans ce contexte, nous identifions des cibles et des mécanismes, qui permettent le développement de nouveaux paradigmes thérapeutiques, et d'étudier les mécanismes et le potentiel thérapeutique des composés modulant la signalisation intracellulaire et l’épigénétique.

Un autre axe de travail consiste à déchiffrer les mécanismes à la base de la sélectivité anti-tumorale du ligand pro-apoptogenique TRAIL. Les études sur le rôle du sécrétome des cellules sénescentes dans l’action de TRAIL cherchent ont pour but de mieux comprendre les liens entre le cancer et le vieillissement.

Site de l'equipe

• Projets en cours

  - Etude des mécanismes moléculaires contrôlant la modulation de la signalisation TRAIL-dépendante par des myosines non-musculaires.
  - Deciphering the molecular mechanisms underlying the modulation of TRAIL-induced signaling by non-muscular myosins. AICR
  - Caractérisation d'un nouveau régulateur putatif épigénétique de l'expression des gènes dans le cancer du sein. Projet financé par l'INCa.
  - Analyse des interactions entre les ndsRNAs récemment découverts, et les facteurs/complexes épigénétiques lors de la tumorigénèse. Projet EpiCaR (Epigenetics, Cancer and ndsRNAs) financé par le Plan Cancer.
  - Identification des modulateurs et de la signature d'expression génique associés à la sensibilité des cellules tumorales à TRAIL. Projet financé par l’ARC
  - Régulation épigénétique de l'apoptose spécifique de cellules tumorales. Projet financé par l’INCa

• Collaborations

  - Dr. Peter MULLIGAN, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), UMR Inserm 1052 CNRS 5286 Centre Léon Bérard.
  - Dr. Laurence Vandel, Centre de Biologie du Developpement, UMR5547 du CNRS/Universite Paul Sabatier, Toulouse, FRANCE

• Prix/Distinctions

  • Hinrich GRONEMEYER - Prix René et Andrée Duquesne - Ligue contre le cancer - 2015
  • Hinrich GRONEMEYER - Prix d'Excellence Scientifique - Inserm - 2010
  • Hinrich GRONEMEYER - Médaille Européenne - The Endocrine Society - 1996
  • Hinrich GRONEMEYER - Membre de l'organisation européenne de biologie moléculaire (EMBO) - European Molecular Biology Organization (EMBO) - 1995
  • Hinrich GRONEMEYER - Prix Scientifique - Société Française d'Endocrinologie (SFE) - 1991

• Actualites

  • 20 septembre 2016 - Modéliser le destin cellulaire pour mieux le modifier
  • 29 octobre 2015 - TARDIS : une méthode universelle de séquençage d'ARN à la portée de tous
  • 14 septembre 2015 - Hinrich Gronemeyer distingué pour ses travaux sur le cancer
  • 16 mars 2015 - Erosion épigénétique du chromosome X inactif dans le cancer du sein
  • 15 décembre 2014 - Découverte d'une classe d’ARN double brins
  • 24 novembre 2014 - Deux chercheurs de l'IGBMC parmi les plus influents au Monde
  • 6 juin 2011 - Des échantillons de plus en plus petits
  • 1 juin 2011 - Le code secret de l'oestradiol

• Publications

  • Dual role of DR5 in death and survival signaling leads to TRAIL resistance in cancer cells

    Shlyakhtina Yelyzaveta, Pavet Valeria and Gronemeyer Hinrich

    Cell Death and Disease 31 August 2017 2017 ; 8:e3025 .

  • Epimetheus - a multi-profile normalizer for epigenomic sequencing data.

    Saleem MM(1), Mendoza-Parra MA(2,)(3,)(4,)(5), Cholley PE(1), Blum M(1), Gronemeyer H(6,)(7,)(8,)(9).

    BMC Bioinformatics 12 mai 2017 ; 18:259 .

  • The KDM5 family is required for activation of pro-proliferative cell cycle genes during adipocyte differentiation.

    Brier AB(1), Loft A(1), Madsen JGS(1,)(2), Rosengren T(1), Nielsen R(1), Schmidt SF(1), Liu Z(3), Yan Q(3), Gronemeyer H(4), Mandrup S(1).

    Nucleic Acids Res 28 février 2017 ; 45:1743-1759 .

  • Time-Lapse Fluorescence Microscopy of Budding Yeast Cells.

    Kumar A(1)(2), Mendoza M(3)(4).

    Methods Mol Biol 2016 ; 1369:1-8 .

  • LOGIQA: a database dedicated to long-range genome interactions quality assessment.

    Mendoza-Parra MA(1,)(2,)(3,)(4,)(5), Blum M(6,)(7,)(8,)(9,)(10), Malysheva V(6,)(7,)(8,)(9,)(10), Cholley PE(6,)(7,)(8,)(9,)(10), Gronemeyer H(11,)(12,)(13,)(14,)(15).

    BMC Genomics 16 mai 2016 ; 17:355 .

  • Reconstructed cell fate-regulatory programs in stem cells reveal hierarchies and key factors of neurogenesis.

    Mendoza-Parra MA(1), Malysheva V(1), Mohamed Saleem MA(1), Lieb M(1), Godel A(1), Gronemeyer H(1).

    Genome Res Nov 2016 ; 26:1505-1519 .

  • Antibody performance in ChIP-sequencing assays: From quality scores of public data sets to quantitative certification.

    Mendoza-Parra MA1, Saravaki V1, Cholley PE1, Blum M1, Billoré B1, Gronemeyer H1.

    Version 2. F1000Res. jan 2016 ; 11:54 .

  • Reconstruction of gene regulatory networks reveals chromatin remodelers and key transcription factors in tumorigenesis.

    Malysheva V(1), Mendoza-Parra MA(1), Saleem MA(1), Gronemeyer H(2).

    Genome Med 19 mai 2016 ; 8:57 .

  • NGS-QC Generator: A Quality Control System for ChIP-Seq and Related Deep Sequencing-Generated Datasets.

    Mendoza-Parra MA(1), Saleem MA(2), Blum M(2), Cholley PE(2), Gronemeyer H(2).

    Methods Mol Biol 2016 ; 1418:243-65 .

  • TARDIS, a targeted RNA directional sequencing method for rare RNA discovery.

    Portal MM(1), Pavet V(1), Erb C(1), Gronemeyer H(1).

    Nat Protoc Dec 2015 ; 10:1915-38 .

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