Offre de thèse au sein du laboratoire de Raphaël Pantier
Sujet de thèse :
IMCBio-Interactions entre les facteurs de transcription et l'architecture du génome dans les cellules souches embryonnaires
Résumé :
Les facteurs de transcription sont des déterminants moléculaires clés de l'identité cellulaire au cours du développement et dans les maladies humaines. Ils interprètent notre génome en reconnaissant des séquences d'ADN spécifiques, résultant en l’activation ou la répression de gènes cibles. Nos recherches récentes ont révélé un nouveau type de régulation génique basé sur la détection de la teneur en nucléotides A/T (Pantier et al., 2021). En particulier, le facteur de transcription SALL4 se lie à de courts motifs riches en AT sur le génome, et sa fonction est essentielle à l'identité des cellules souches in vitro et durant développement embryonnaire in vivo.
Dans le cadre de ce projet de doctorat, vous exploiterez des techniques de génomique de pointe sur des cellules souches embryonnaires de souris génétiquement modifiées afin d'analyser la fonction moléculaire de SALL4 : régulation de la transcription via des boucles enhancer-promoteur à longue distance (1) et régulation de la structure 3D du génome via la modulation des domaines associés à la lamina (2). Ces investigations nous permettront de mieux comprendre comment les facteurs de transcription interagissent à différentes échelles génomiques pour contrôler l'identité cellulaire.
Référence
IGBMC / PhD-Pantier
Type de contrat
PHD
Date de publication
22/07/2026
We are seeking a highly motivated and enthusiastic individual to join our research group at IGBMC. Our overall aim is to better understand how cellular identity is determined at the molecular level, using embryonic stem cells as a model system. We combine genetic engineering, genomics, biochemical and cellular assays to dissect the function of important transcriptional and epigenetic regulators both in physiological and pathological conditions.
In this PhD project, you will exploit state-of-the-art genomics techniques to dissect the molecular function of the transcription factor SALL4 in embryonic stem cells: regulation of transcription via long range enhancer-promoter looping (1), regulation of 3D genome structure via modulation of lamina-associated domains (2). These investigations will help us better understand how SALL4 controls embryonic development, and how this protein is de-regulated in developmental disorders and aggressive cancers. More generally, this work will clarify how transcription factors interact across different genomic scales to regulate cell identity. Additional information regarding the PhD project is available here:https://amethis3.unistra.fr/amethis-client/prd/consulter/offre/1125
You will benefit from a supportive and collaborative work environment to carry out your research. The Institute of Genetics Molecular and Cellular Biology (IGBMC) includes a diverse and international scientific community and hosts a large range of state-of-the-art facilities including genomics, bioinformatics, proteomics, microscopy, flow cytometry and cell culture.
Relevant publications:
- Chhatbar et al., bioRxiv (2025): https://doi.org/10.1101/2025.11.14.688441
- Giuliani et al., bioRxiv (2025): https://doi.org/10.1101/2025.10.27.684836
- Pantier et al., Mol Cell (2021): https://doi.org/10.1016/j.molcel.2020.11.046
Keywords: stem cells, transcription, genome architecture, transcription factors, SALL4, CRISPR/Cas9 engineering, next-generation sequencing
Modalités de candidature
The PhD position is fully funded (3 years) and available from October 2026.
Please send a complete application including CV (1), cover letter (2), and contact details of at least one referee (3) by email to Raphaël Pantier (pantierr@igbmc.fr). Candidates can also contact the laboratory for additional information regarding the research project.
Associé à :
Profil
- Recently obtained Master degree in genomics, molecular biology or other relevant discipline.
- Strong motivation to work in the field of gene regulation and chromatin biology.
- Good handling of standard molecular biology techniques.
- Prior experience in generating or analysing genomics data would be desirable, but not mandatory.
- English language proficiency (B2 or higher).