IGBMC : Institut de la Génétique et de la Biologie Moléculaire et Cellulaire

• Ingénieurs & Techniciens

  Violaine ALUNNI

  Marie CERCIAT

  Cathy HEROUARD

  Bernard JOST

  Matthieu JUNG

  Céline KEIME

  Stéphanie LE GRAS

  Muriel PHILIPPS

  Damien PLASSARD

  Serge VICAIRE

  Tao YE

• Ingénieur Statisticien

  Doulaye DEMBELE

• Christelle THIBAULT-CARPENTIER

Plateformes technologiques

Genomeast

Cette plateforme, largement ouverte à la communauté scientifique et partenaire du réseau national France-Génomique, est dédiée à l’analyse des gènes à grande échelle. Elle propose des prestations complètes pour deux technologies complémentaires : les puces à ADN et le séquençage haut débit, jusqu’à l’analyse bio-informatique des résultats. Etudier l’expression des gènes, identifier les mutations et polymorphismes génétiques, cartographier les zones de fixation des protéines sur la chromatine ou identifier les petits ARN régulateurs constituent les principales activités de la plateforme.

• Site officiel de la plateforme Genomeast

• Projets en cours

  En 2011, 93 équipes de recherche différentes ont fait appel à la plateforme. Parmi les grands projets actuels :
  -    Identification de nouveaux gènes responsables de maladies rares par séquençage haut débit d’exomes ou de régions ciblées. En partenariat avec le GIS-Institut des maladies rares
  -    Caractérisation moléculaire de sous-populations de cellules de l’immunité sur puce à ADN. En partenariat avec le Centre d’Immunologie de Marseille-Luminy
  -    Identification de mutations sur le génome mitochondrial par re-séquençage sur puce à ADN. En partenariat avec le CHU de Nice
  -    Constitution de cartes d’identité moléculaire de tumeurs humaines sur puce à ADN. En partenariat avec la Ligue Nationale Contre le Cancer

• Collaborations

• Prix/Distinctions

• Actualités

  • Introduction to NGS data analysis – 28-29th of September and 2nd of October 2017 (Training)
  • New web tool to filter/extract your variants of interest (DNA-seq)
  • NGS symposium 2016 - 4-5 July 2016 – Illkirch, France
  • Our new Hiseq 4000 sequencer is now up and ready
  • double certification: ISO 9001:2008 - NFX 50-900
  • Introduction to NGS data analysis - 10th and 11th of March 2016 (Training)
  • Introduction to NGS data analysis - 24th and 25th of September 2015 (Training)
  • Introduction to NGS data analysis - 29th and 30th of September 2016 (Training)
  • Bioinformatics School AVIESAN IFB - 27th of September to 2nd of October 2015. (Training)
  • 2nd 2015 call for the program High-Throughput sequencing and rare diseases (Call for projects)
  • Le mélanome : mieux comprendre pour mieux soigner

• Publications

  • Homozygous TAF8 mutation in a patient with intellectual disability results in undetectable TAF8 protein, but preserved RNA Polymerase II transcription.

    El-Saafin F(1)(2)(3)(4), Curry C(5)(6), Ye T(1)(2)(3)(4), Garnier JM(1)(2)(3)(4), Kolb-Cheynel I(1)(2)(3)(4), Stierle M(1)(2)(3)(4), Downer NL(7), Dixon MP(7), Negroni L(1)(2)(3)(4), Berger I(8), Thomas T(7)(9), Voss AK(7)(9), Dobyns W(10)(11), Devys D(1)(2)(3)(4), Tora L(1)(2)(3)(4).

    Hum Mol Genet 10 avril 2018

  • Analysis of high-throughput biological data using their rank values.

    Dembele D(1).

    Stat Methods Med Res Jan 1:96228021876418 2018

  • Genes and Pathways Regulated by Androgens in Human Neural Cells, Potential Candidates for the Male Excess in Autism Spectrum Disorder.

    Quartier A(1), Chatrousse L(2), Redin C(1), Keime C(1), Haumesser N(1), Maglott-Roth A(1), Brino L(1), Le Gras S(1), Benchoua A(2), Mandel JL(3), Piton A(4).

    Biol Psychiatry 9 janvier 2018

  • Sphingolipid Metabolism Is Dysregulated at Transcriptomic and Metabolic Levels in the Spinal Cord of an Animal Model of Amyotrophic Lateral Sclerosis.

    Henriques A(1)(2)(3), Croixmarie V(4), Bouscary A(1)(2), Mosbach A(1)(2), Keime C(5), Boursier-Neyret C(6), Walter B(6), Spedding M(3), Loeffler JP(1)(2).

    Front Mol Neurosci 4 janvier 2018

  • A new genetically engineered mouse model of choroid plexus carcinoma.

    El Nagar S(1), Zindy F(2), Moens C(3), Martin L(1), Plassard D(4), Roussel MF(2), Lamonerie T(1), Billon N(5).

    Biochem Biophys Res Commun 5 février 2018

  • Sphingolipid metabolism is dysregulated at transcriptomic and metabolic levels in the spinal cord of an animal model of amyotrophic lateral sclerosis.

    Alexandre Henriques1, 2, 3*, Vincent Croixmarie4, Alexandra Bouscary2, 3, Althea Mosbach2, 3, Céline Keime5, Claire Boursier-Neyret6, Bernard Walther6, Michael Spedding1 and Jean-Philippe Loeffler2, 3

    Frontiers in Molecular Neuroscience 15 Dec 2017 2017

  • Cockayne's Syndrome A and B Proteins Regulate Transcription Arrest after Genotoxic Stress by Promoting ATF3 Degradation.

    Epanchintsev A(1), Costanzo F(1), Rauschendorf MA(1), Caputo M(2), Ye T(1), Donnio LM(1), Proietti-de-Santis L(2), Coin F(1), Laugel V(3), Egly JM(4).

    Mol Cell 21 décembre 2017

  • Histone propionylation is a mark of active chromatin.

    Kebede AF(1)(2), Nieborak A(3), Shahidian LZ(3), Le Gras S(1), Richter F(2)(4), Gomez DA(3)(5), Baltissen MP(6), Meszaros G(1)(7)(8), Magliarelli HF(1), Taudt A(9)(10), Margueron R(11), Colome-Tatche M(9)(10)(12), Ricci R(1)(7)(8), Daujat S(1), Vermeulen M(6), Mittler G(2), Schneider R(1)(3)(13).

    Nat Struct Mol Biol Dec 2017

  • MITF-high and MITF-low cells and a novel subpopulation expressing genes of both cell states contribute to intra and inter-tumoral heterogeneity of primary melanoma.

    Ennen M(1), Keime C(1), Gambi G(1), Kieny A(2), Coassolo S(2), Thibault-Carpentier C(1), Margerin-Schaller F(3), Davidson G(1), Vagne C(4), Lipsker D(5), Davidson I(6).

    Clin Cancer Res 15 novembre 2017

  • T Cell Zone Resident Macrophages Silently Dispose of Apoptotic Cells in the Lymph Node.

    Baratin M(1), Simon L(2), Jorquera A(2), Ghigo C(2), Dembele D(3), Nowak J(2), Gentek R(2), Wienert S(4), Klauschen F(4), Malissen B(2), Dalod M(2), Bajenoff M(5).

    Immunity 15 août 2017

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