IGBMC : Institut de la Génétique et de la Biologie Moléculaire et Cellulaire

• Ingénieurs & Techniciens

  Violaine ALUNNI

  Marie CERCIAT

  Cathy HEROUARD

  Bernard JOST

  Matthieu JUNG

  Céline KEIME

  Stéphanie LE GRAS

  Muriel PHILIPPS

  Damien PLASSARD

  Serge VICAIRE

  Tao YE

• Ingénieur Statisticien

  Doulaye DEMBELE

• Christelle THIBAULT-CARPENTIER

Plateformes technologiques

Genomeast

Cette plateforme, largement ouverte à la communauté scientifique et partenaire du réseau national France-Génomique, est dédiée à l’analyse des gènes à grande échelle. Elle propose des prestations complètes pour deux technologies complémentaires : les puces à ADN et le séquençage haut débit, jusqu’à l’analyse bio-informatique des résultats. Etudier l’expression des gènes, identifier les mutations et polymorphismes génétiques, cartographier les zones de fixation des protéines sur la chromatine ou identifier les petits ARN régulateurs constituent les principales activités de la plateforme.

• Site officiel de la plateforme Genomeast

• Projets en cours

  En 2011, 93 équipes de recherche différentes ont fait appel à la plateforme. Parmi les grands projets actuels :
  -    Identification de nouveaux gènes responsables de maladies rares par séquençage haut débit d’exomes ou de régions ciblées. En partenariat avec le GIS-Institut des maladies rares
  -    Caractérisation moléculaire de sous-populations de cellules de l’immunité sur puce à ADN. En partenariat avec le Centre d’Immunologie de Marseille-Luminy
  -    Identification de mutations sur le génome mitochondrial par re-séquençage sur puce à ADN. En partenariat avec le CHU de Nice
  -    Constitution de cartes d’identité moléculaire de tumeurs humaines sur puce à ADN. En partenariat avec la Ligue Nationale Contre le Cancer

• Collaborations

• Prix/Distinctions

• Actualités

  • Introduction to NGS data analysis – 28-29th of September and 2nd of October 2017 (Training)
  • New web tool to filter/extract your variants of interest (DNA-seq)
  • NGS symposium 2016 - 4-5 July 2016 – Illkirch, France
  • Our new Hiseq 4000 sequencer is now up and ready
  • double certification: ISO 9001:2008 - NFX 50-900
  • Introduction to NGS data analysis - 10th and 11th of March 2016 (Training)
  • Introduction to NGS data analysis - 24th and 25th of September 2015 (Training)
  • Introduction to NGS data analysis - 29th and 30th of September 2016 (Training)
  • Bioinformatics School AVIESAN IFB - 27th of September to 2nd of October 2015. (Training)
  • 2nd 2015 call for the program High-Throughput sequencing and rare diseases (Call for projects)
  • Le mélanome : mieux comprendre pour mieux soigner

• Publications

  • T Cell Zone Resident Macrophages Silently Dispose of Apoptotic Cells in the Lymph Node.

    Baratin M(1), Simon L(2), Jorquera A(2), Ghigo C(2), Dembele D(3), Nowak J(2), Gentek R(2), Wienert S(4), Klauschen F(4), Malissen B(2), Dalod M(2), Bajenoff M(5).

    Immunity 15 août 2017

  • Dual effects of constitutively active androgen receptor and full-length androgen receptor for N-cadherin regulation in prostate cancer.

    Cottard F(1), Ould Madi-Berthelemy P(1), Erdmann E(1), Schaff-Wendling F(1)(2), Keime C(3), Ye T(3), Kurtz JE(1)(2), Ceraline J(1)(2).

    Oncotarget 29 mai 2017

  • The Bile Acid Nuclear Receptor FXRalpha Is a Critical Regulator of Mouse Germ Cell Fate.

    Martinot E(1), Sedes L(1), Baptissart M(1), Holota H(1), Rouaisnel B(1), Damon-Soubeyrand C(2), De Haze A(2), Saru JP(2), Thibault-Carpentier C(3), Keime C(3), Lobaccaro JA(2), Baron S(2), Benoit G(4), Caira F(1), Beaudoin C(1), Volle DH(5).

    Stem Cell Reports 11 juillet 2017

  • MAPK-triggered chromatin reprogramming by histone deacetylase in plant innate immunity.

    Latrasse D(1), Jegu T(1), Li H(2), de Zelicourt A(3), Raynaud C(1), Legras S(4), Gust A(5), Samajova O(6), Veluchamy A(3), Rayapuram N(3), Ramirez-Prado JS(3), Kulikova O(2), Colcombet J(1), Bigeard J(1), Genot B(1), Bisseling T(2), Benhamed M(1)(3), Hirt H(7)(8).

    Genome Biol 6 juillet 2017

  • Arabidopsis ATRX Modulates H3.3 Occupancy and Fine-Tunes Gene Expression.

    Duc C(1), Benoit M(1)(2), Detourne G(1)(3), Simon L(1), Poulet A(1)(3), Jung M(4), Veluchamy A(5)(6), Latrasse D(5), Le Goff S(1), Cotterell S(1), Tatout C(1), Benhamed M(5)(6), Probst AV(7).

    Plant Cell Jul 2017

  • Inhibition of beta-Glucocerebrosidase Activity Preserves Motor Unit Integrity in a Mouse Model of Amyotrophic Lateral Sclerosis.

    Henriques A(1)(2)(3), Huebecker M(4), Blasco H(5)(6), Keime C(7), Andres CR(5)(6), Corcia P(5)(8), Priestman DA(4), Platt FM(4), Spedding M(3), Loeffler JP(9)(10).

    Sci Rep 12 juillet 2017

  • The Arabidopsis SWI/SNF protein BAF60 mediates seedling growth control by modulating DNA accessibility.

    Jegu T(1)(2)(3), Veluchamy A(4), Ramirez-Prado JS(1)(4), Rizzi-Paillet C(1), Perez M(1), Lhomme A(1), Latrasse D(1), Coleno E(1), Vicaire S(5), Legras S(5), Jost B(5), Rougee M(6), Barneche F(6), Bergounioux C(1), Crespi M(1), Mahfouz MM(4), Hirt H(1)(4), Raynaud C(1), Benhamed M(7)(8).

    Genome Biol 15 juin 2017

  • Combinatorial DNA methylation codes at repetitive elements.

    Papin C(1), Ibrahim A(1), Gras SL(1), Velt A(1), Stoll I(1), Jost B(1), Menoni H(2), Bronner C(1), Dimitrov S(2), Hamiche A(1).

    Genome Res Jun 2017

  • Blepharocheilodontic syndrome is a CDH1 pathway-related disorder due to mutations in CDH1 and CTNND1.

    Ghoumid J(1,)(2,)(3), Stichelbout M(1,)(2), Jourdain AS(2,)(4), Frenois F(1,)(2), Lejeune-Dumoulin S(1), Alex-Cordier MP(5), Lebrun M(6), Guerreschi P(2,)(3,)(7), Duquennoy-Martinot V(2,)(3,)(7), Vinchon M(2,)(3,)(8), Ferri J(3,)(9), Jung M(10), Vicaire S(10), Vanlerberghe C(1,)(2,)(3), Escande F(2,)(4), Petit F(1,)(2,)(3), Manouvrier-Hanu S(1,)(2,)(3).

    Genet Med 16 mars 2017

  • Tex19 paralogs are new members of the piRNA pathway controlling retrotransposon suppression.

    Tarabay Y(1,)(2,)(3), Achour M(1,)(3), Teletin M(1,)(4), Ye T(1), Teissandier A(5), Mark M(1,)(4), Bourc'his D(5), Viville S(6,)(7).

    J Cell Sci 15 avril 2017

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