IGBMC : Institut de la Génétique et de la Biologie Moléculaire et Cellulaire

• Ingénieurs & Techniciens

  Violaine ALUNNI

  Marie CERCIAT

  Bernard JOST

  Matthieu JUNG

  Romain KAISER

  Céline KEIME

  Stéphanie LE GRAS

  Damien PLASSARD

  Serge VICAIRE

  Tao YE

• Ingénieur Statisticien

  Doulaye DEMBELE

• Christelle THIBAULT-CARPENTIER

Plateformes technologiques

Genomeast

Cette plateforme, largement ouverte à la communauté scientifique et partenaire du réseau national France-Génomique, est dédiée à l’analyse des gènes à grande échelle. Elle propose des prestations complètes pour deux technologies complémentaires : les puces à ADN et le séquençage haut débit, jusqu’à l’analyse bio-informatique des résultats. Etudier l’expression des gènes, identifier les mutations et polymorphismes génétiques, cartographier les zones de fixation des protéines sur la chromatine ou identifier les petits ARN régulateurs constituent les principales activités de la plateforme.

• Site officiel de la plateforme Genomeast

• Projets en cours

  En 2011, 93 équipes de recherche différentes ont fait appel à la plateforme. Parmi les grands projets actuels :
  -    Identification de nouveaux gènes responsables de maladies rares par séquençage haut débit d’exomes ou de régions ciblées. En partenariat avec le GIS-Institut des maladies rares
  -    Caractérisation moléculaire de sous-populations de cellules de l’immunité sur puce à ADN. En partenariat avec le Centre d’Immunologie de Marseille-Luminy
  -    Identification de mutations sur le génome mitochondrial par re-séquençage sur puce à ADN. En partenariat avec le CHU de Nice
  -    Constitution de cartes d’identité moléculaire de tumeurs humaines sur puce à ADN. En partenariat avec la Ligue Nationale Contre le Cancer

• Collaborations

• Prix/Distinctions

• Actualités

  • Introduction to NGS data analysis – 28-29th of September and 2nd of October 2017 (Training)
  • New web tool to filter/extract your variants of interest (DNA-seq)
  • NGS symposium 2016 - 4-5 July 2016 – Illkirch, France
  • Our new Hiseq 4000 sequencer is now up and ready
  • double certification: ISO 9001:2008 - NFX 50-900
  • Introduction to NGS data analysis - 10th and 11th of March 2016 (Training)
  • Introduction to NGS data analysis - 24th and 25th of September 2015 (Training)
  • Introduction to NGS data analysis - 29th and 30th of September 2016 (Training)
  • Bioinformatics School AVIESAN IFB - 27th of September to 2nd of October 2015. (Training)
  • 2nd 2015 call for the program High-Throughput sequencing and rare diseases (Call for projects)
  • Le mélanome : mieux comprendre pour mieux soigner

• Publications

  • Responses to climatic and pathogen threats differ in biodynamic and conventional vines.

    Soustre-Gacougnolle I(1)(2), Lollier M(2), Schmitt C(1), Perrin M(1), Buvens E(1), Lallemand JF(3), Mermet M(1), Henaux M(1), Thibault-Carpentier C(4), Dembele D(4), Steyer D(5), Clayeux C(5), Moneyron A(6), Masson JE(7).

    Sci Rep 15 novembre 2018

  • Reinstating plasticity and memory in a tauopathy mouse model with an acetyltransferase activator.

    Chatterjee S(1)(2), Cassel R(1)(2), Schneider-Anthony A(1)(2), Merienne K(1)(2), Cosquer B(1)(2), Tzeplaeff L(1)(2), Halder Sinha S(3), Kumar M(3), Chaturbedy P(4), Eswaramoorthy M(4), Le Gras S(5), Keime C(5), Bousiges O(1)(6), Dutar P(7), Petsophonsakul P(8), Rampon C(8), Cassel JC(1)(2), Buee L(9), Blum D(9), Kundu TK(10), Boutillier AL(11)(2).

    EMBO Mol Med 1 octobre 2018

  • Novel spiroindoline HDAC inhibitors: Synthesis, molecular modelling and biological studies.

    Brindisi M(1), Senger J(2), Cavella C(1), Grillo A(1), Chemi G(1), Gemma S(1), Cucinella DM(1), Lamponi S(1), Sarno F(3), Iside C(3), Nebbioso A(3), Novellino E(4), Shaik TB(5), Romier C(5), Herp D(2), Jung M(2), Butini S(6), Campiani G(7), Altucci L(3), Brogi S(1).

    Eur J Med Chem 31 juillet 2018

  • Synthesis, Crystallization Studies, and in vitro Characterization of Cinnamic Acid Derivatives as SmHDAC8 Inhibitors for the Treatment of Schistosomiasis.

    Bayer T(1), Chakrabarti A(2), Lancelot J(3), Shaik TB(4), Hausmann K(1), Melesina J(1), Schmidtkunz K(2), Marek M(4), Erdmann F(1), Schmidt M(1), Robaa D(1), Romier C(4), Pierce RJ(3), Jung M(2), Sippl W(1).

    ChemMedChem Aug 2018

  • Short- and long-term gene expression profiles induced by inhaled TiO2 nanostructured aerosol in rat lung.

    Chezeau L(1), Sebillaud S(2), Safar R(3), Seidel C(2), Dembele D(4), Lorcin M(2), Langlais C(2), Grossmann S(2), Nunge H(2), Michaux S(2), Schneider HDP(5), Rihn B(6), Joubert O(6), Binet S(2), Cosnier F(2), Gate L(7).

    Toxicol Appl Pharmacol 1 octobre 2018

  • Homozygous TAF8 mutation in a patient with intellectual disability results in undetectable TAF8 protein, but preserved RNA polymerase II transcription.

    El-Saafin F(1)(2)(3)(4), Curry C(5)(6), Ye T(1)(2)(3)(4), Garnier JM(1)(2)(3)(4), Kolb-Cheynel I(1)(2)(3)(4), Stierle M(1)(2)(3)(4), Downer NL(7), Dixon MP(7), Negroni L(1)(2)(3)(4), Berger I(8), Thomas T(7)(9), Voss AK(7)(9), Dobyns W(10)(11), Devys D(1)(2)(3)(4), Tora L(1)(2)(3)(4).

    Hum Mol Genet 15 juin 2018

  • Analysis of high-throughput biological data using their rank values.

    Dembele D(1).

    Stat Methods Med Res Jan 1:96228021876418 2018

  • Genes and Pathways Regulated by Androgens in Human Neural Cells, Potential Candidates for the Male Excess in Autism Spectrum Disorder.

    Quartier A(1), Chatrousse L(2), Redin C(1), Keime C(1), Haumesser N(1), Maglott-Roth A(1), Brino L(1), Le Gras S(1), Benchoua A(2), Mandel JL(3), Piton A(4).

    Biol Psychiatry 15 août 2018

  • Sphingolipid Metabolism Is Dysregulated at Transcriptomic and Metabolic Levels in the Spinal Cord of an Animal Model of Amyotrophic Lateral Sclerosis.

    Henriques A(1)(2)(3), Croixmarie V(4), Bouscary A(1)(2), Mosbach A(1)(2), Keime C(5), Boursier-Neyret C(6), Walter B(6), Spedding M(3), Loeffler JP(1)(2).

    Front Mol Neurosci 4 janvier 2018

  • A new genetically engineered mouse model of choroid plexus carcinoma.

    El Nagar S(1), Zindy F(2), Moens C(3), Martin L(1), Plassard D(4), Roussel MF(2), Lamonerie T(1), Billon N(5).

    Biochem Biophys Res Commun 5 février 2018

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