Transcriptomique spatiale
Élue « Méthode de l’année » en 2020 par la revue Nature, la spatialomique permet d’explorer les expressions géniques et protéiques sur coupes histologiques à une résolution cellulaire. Multidisciplinaire, elle nécessite des technologies de pointe et des expertises avancées en génomique, histopathologie, imagerie cellulaire et bioinformatique, et l’IGBMC a développé un cadre technologique optimal pour coordonner ces compétences variées.
En collaboration avec GenomEast, le service d’histologie de l’ICS et la plateforme de microscopie photonique, nous proposons un service complet allant de la conception de l’expérience jusqu’à l’analyse.
Technologies disponibles
Visium et Visium HD Spatial Gene Expression
(10X Genomics)
GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP)
(Nanostring, a Brucker Company)
Xenium in situ
(10X Genomics)
Prestations
Nous prenons en charge l’intégralité du flux de travail pour vos expériences de transcriptomique spatiale. A partir d’un bloc FFPE ou OCT, ou de coupes histologiques, nous traitons vos échantillons, réalisons les acquisitions, et analysons les données.
Toujours curieux d’explorer de nouvelles approches, nous sommes ouverts à l’utilisation d’autres technologies. Nous avons par exemple évalué la technologie Curio Seeker (Curio Biosciences) sur des coupes congelées.
Fiches produits
Soumettre un projet
- Pour les technologies Visium et GeoMx : utilisez l’interface web de soumission. Pour tout renseignement contactez Christelle Thibault et Céline Keime.
- Pour la technologie Xenium : contactez Hugues Jacobs et Olivia Wendling.
Séminaires
Nous organisons régulièrement des journées thématiques pour présenter les nouvelles avancées sur la transcriptomique spatiale :
10x Genomics & IGBMC user day (27/04/2024)
- Séminaire de transcriptomique spatiale in situ Xenium (27/11/2024)
Financeurs
Nous avons bénéficié d’un soutien financier de partenaires pour l’acquisition d’équipements et de technologies que nous remercions.
