Protéomique

RESPONSABLE DE PLATEFORME

La Plateforme de Protéomique de l’IGBMC est spécialisée dans l’identification et la quantification de protéines et protéomes. Elle s’appuie sur une équipe spécialisée en spectrométrie de masse, synthèse de peptide et bio-informatique pour répondre aux besoins analytiques de partenaires académiques ou privés.

Domaine d’expertise :

Synthèse de peptides
Analyse de protéine/protéome en solution ou en gel
Caractérisation de modifications post-traductionnelles (phospho-STY, acetyl-K, ubi-K, Glyco-N)
Quantification de protéines (label free, SILAC, TMT, iTRAQ)
Vérification de masse moléculaire de protéines purifiées
Etude structurale (ponts, SS, XL-MS)
Analyse bio-informatique et statistique (Perseus, R, python)
Réalisation d’étude et de développement méthodologique, collaboration

Les analyses sont réalisées sous forme de prestation ou de collaboration suivant l’ampleur du projet.

Ingénieur(eure)s

Pascal EBERLING

Spectométrie de masse
Synthèse peptidique
Responsable : Pascal EBERLING

Anciens membres

Manuela Argentini : 2001-2007
Ingrid Colas : 2005-2006
Adeline Page : 2009-2014

Virginie Chavant : 2011-2014
Mathilde Joint : 2013-2016
Mathilde Decourcelle : 2015-2016

Bastien Lefeuvre : 2019
Sangeetha Covindarassou : 2018
Kim Barosso: 2017-2019

Projets en cours

Analyses des complexes nucléaires de la transcription (col. Laszlo Tora, Illkirch)
Analyses multi-omique de la réponse UPR associée ou glioblastome multiforme (col. Eric Chevet, Rennes)
Analyse structurale par approche XL-MS ((col. Katia Zanier, Illkirch)
Meta-analyse et benchmarking des pipelines d’analyse protéomique (Projet ELIXIR)

Collaborations et réseaux

Irene Bozzoni, Non coding RNAs in Physiology and Pathology , Sapienza Univ. Rome
Alexandre Smirnov, Génétique moléculaire - Génomique - Microbiologie, UMR 7156, Strasbourg
Katia Zanier, Signalisation nucléaire et cancer, Biotechnologie et signalisation cellulaire, UMR7242 Illkirch
Eric Chevet, Chemistry Oncogenesis Stress Signaling, U1242, Rennes
Muriel Le Romancer CRCL Lyon