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Protéomique

RESPONSABLE DE PLATEFORME

Luc NEGRONI

La Plateforme de Protéomique de l’IGBMC est spécialisée dans l’identification et la quantification de protéines et protéomes. Elle s’appuie sur une équipe spécialisée en spectrométrie de masse, synthèse de peptide et bio-informatique pour répondre aux besoins analytiques de partenaires académiques ou privés.

Domaine d’expertise :

  • Synthèse de peptides
  • Analyse de protéine/protéome en solution ou en gel
  • Caractérisation de modifications post-traductionnelles (phospho-STY, acetyl-K, ubi-K, Glyco-N)
  • Quantification de protéines (label free, SILAC, TMT, iTRAQ)
  • Vérification de masse moléculaire de protéines purifiées
  • Etude structurale (ponts, SS, XL-MS)
  • Analyse bio-informatique et statistique (Perseus, R, python)
  • Réalisation d’étude et de développement méthodologique, collaboration

Les analyses sont réalisées sous forme de prestation ou de collaboration suivant l’ampleur du projet.

Anciens membres

  • Manuela Argentini : 2001-2007
  • Ingrid Colas : 2005-2006
  • Adeline Page : 2009-2014

 

 

 

 

  • Virginie Chavant : 2011-2014
  • Mathilde Joint : 2013-2016
  • Mathilde Decourcelle : 2015-2016
  • Bastien Lefeuvre : 2019
  • Sangeetha Covindarassou : 2018
  • Kim Barosso: 2017-2019

Projets en cours

  • Analyses des complexes nucléaires de la transcription (col. Laszlo Tora, Illkirch)
  • Analyses multi-omique de la réponse UPR associée ou glioblastome multiforme (col. Eric Chevet, Rennes)
  • Analyse structurale par approche XL-MS ((col. Katia Zanier, Illkirch)
  • Meta-analyse et benchmarking des pipelines d’analyse protéomique (Projet ELIXIR)

 

 

Collaborations et réseaux

  • Irene Bozzoni, Non coding RNAs in Physiology and Pathology , Sapienza Univ. Rome
  • Alexandre Smirnov, Génétique moléculaire - Génomique - Microbiologie, UMR 7156, Strasbourg
  • Katia Zanier, Signalisation nucléaire et cancer, Biotechnologie et signalisation cellulaire, UMR7242 Illkirch
  • Eric Chevet, Chemistry Oncogenesis Stress Signaling, U1242, Rennes
  • Muriel Le Romancer CRCL Lyon

 

 

Financements et partenaires

  • Association pour la Recherche sur le Cancer ARC
  • ITMO Cancer INSERM

 

 

Ressources

  • Orbitrap Elite et systeme nanoLC nano
  • QToT Xevo XS G1 et systeme nanoLC
  • Système HPLC franctionnement SCX