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Institut clinique de la souris

L'Institut clinique de la souris propose des services à la carte en génomique fonctionnelle pour l’ensemble de la communauté scientifique. Ce dernier est notamment spécialisé en création de souris et de rats génétiquement modifiés ainsi qu'en caractérisation phénotypique pour mieux comprendre les mécanismes physio-pathologiques et développer de nouveaux traitements thérapeutiques.

Une plateforme majeure pour la recherche en génomique et médecine translationnelle

Depuis sa création en 2002, l'Institut Clinique de la souris (ICS), en tant que plateforme de l'IGBMC, fournit un ensemble complet de services spécialisés en recherche translationnelle et en génomique fonctionnelle aux utilisateurs académiques et industriels, et est un acteur majeur des programmes post-génomiques européens et mondiaux.

Avec le projet PHENOMIN de 2011 (faisant partie de l'appel à projets intitulé Infrastructures nationales en biologie et santé), l'objectif de l'ICS était de donner naissance à une infrastructure nationale spécialisée dans le développement, l'analyse et la conservation de modèles de souris. Aujourd'hui, l'iCS est l'un des trois centres fondateurs de l'infrastructure française PHENOMIN, dédiée à la génomique fonctionnelle chez les rongeurs, et qui est l'un des principaux pilotes de l'infrastructure nationale multi-espèces CELPHEDIA. Et son appellation est devenue PHENOMIN- Institut Clinique de la Souris (PHENOMIN-iCS)

Les activités de PHENOMIN-iCS se focalisent sur la compréhension du rôle de la génétique dans la santé et les pathologies. Ces services aident la communauté scientifique à utiliser la souris pour développer une annotation fonctionnelle complète du génome humain et ainsi, mieux comprendre les maladies de l’Homme, leurs mécanismes physiologiques et pathologiques.

PHENOMIN-iCS combine la capacité à générer des modèles animaux génétiquement modifiés à grande échelle avec une analyse phénotypique complète. Ses activités sont adaptées à l'étude de souris mutantes et de populations génétiques de référence, mais peuvent également être utilisées pour des études précliniques, pour la validation de cibles thérapeutiques, ou des études pharmacologiques et toxicologiques chez la souris. Le rat est aussi un modèle rongeur mis à disposition des utilisateurs. Les études sont effectuées dans le respect de la règle des 3R (réduire, raffiner, remplacer), de l’éthique et du bien-être animal.

En savoir plus

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Financements et partenaires

Nos missions

Pour résumer, nous fournissons une plateforme de services combinant la capacité de générer à grande échelle des mutations dans le génome de la souris avec une analyse phénotypique complète et à haut débit du modèle.

  • Faciliter l'accès à l'ingénierie, l'analyse et la distribution de modèles de souris pour la communauté scientifique.
  • Disposer de programmes internes de recherche et développement pertinents pour soutenir les activités de l'ICS dans les domaines de la mutagenèse, de la transgenèse, du phénotypage, de la bio-informatique et de l'analyse des données.
  • Promouvoir la formation en interne et pour les utilisateurs afin de garantir la procédure la plus efficace en s'engageant à respecter l'éthique et le bien-être animal.
  • Être un centre de référence pour la génomique fonctionnelle et la recherche préclinique.

Certification qualité

L ’Institut clinique de la souris

PHENOMIN-ICS garantit des prestations de services scientifiques de pointe et en constante amélioration. L’institut et tout son personnel sont engagés dans une démarche qualité selon la norme ISO 9001 et la norme NF X 50-900, un référentiel français adapté aux besoins scientifiques, techniques et managériaux des plateformes technologiques des sciences du vivant. Cette double certification concerne le champ de nos activités de prestation, de recherche et développement dans les trois domaines suivants :  Ingénierie génétique pour la génération de modèles de souris   - Gestion personnalisée et élevage qualifié de lignées de souris - Analyse phénotypique compréhensive, haut-débit et intégrative de modèles de souris.

 

En savoir plus sur la politique qualité de l'ICS

 

PHENOMIN

PHENOMIN a été approuvé par Lloyd's register Quality Assurance selon la norme qualité NF EN ISO 9001 : 2015. La certification garantit les exigences de la norme internationale du système de management de la qualité pour la " Gestion stratégique, coordination et animation de PHENOMIN : l'infrastructure nationale en biologie et santé pour la phénogénomique de la souris ". Aujourd ‘hui encore, PHENOMIN est la seule infrastructure française à être certifiée pour son pilotage et son animation : le certificat est en libre accès sur le site internet. La certification a été renouvelée avec succès en 2020.
 

En savoir plus sur la politique qualité de PHENOMIN

Collaborations et réseaux

L’Institut Clinique de la souris (PHENOMIN-ICS) joue un rôle central dans le pilotage et le fonctionnement des grandes infrastructures de recherche, tant au niveau national avec l'infrastructure française CELPHEDIA qu'au niveau européen avec l'infrastructure européenne InfraFrontier.


De même, l'PHENOMIN-ICS est un acteur majeur dans divers programmes financés par l'Europe et orientés vers la génétique de la souris, tels que EUCOMM, EUMODIC, EMMA, GENCODYS, AgedBrainSYSBIO, CanPathPro, EarlyCause et PATHBIO. En rejoignant l'International Mouse Phenotyping Consortium, l'ICS contribue à l’effort international qui permet de déchiffrer les fonctions des gènes de mammifères afin de mieux comprendre la physiologie et les maladies humaines.

Projets en cours

PHENOMIN-ICS est un membre actif du paysage scientifique, académique et économique par son implication dans les infrastructures nationales, LABEX, EQUIPEX et démonstrateurs, IDEX, les infrastructures internationales, les universités, les programmes d'éducation et de recherche, les financements internationaux et nationaux et les partenaires privés. PHENOMIN-ICS met ses connaissances et son expertise au service des programmes de recherche mondiaux.
National : www.ics-mci.fr/en/collaborations/french-partners-and-academic-networks/
Européen and International :
www.ics-mci.fr/en/collaborations/european-networks/
www.phenomin.fr/en-us/scientific-context/contexts/
www.phenomin.fr/en-us/scientific-context/research/research-programs/

 

 

 

Nos prestations

Modèles souris et rats

Mutations génétiques : KO, cKO, KI, KO/KI, cKI, mutations ponctuelles, humanisation, transgénèse ciblée, ingénierie des chromosomes (délétion, duplication, translocation…) ;

Développement de souris et de rats génétiquement modifiés par CRISPR-Cas9 ;

Développement de souris génétiquement modifiées par recombinaison homologue dans les cellules ES ;

Développement de souris transgéniques par injection pronucléaire de plasmides ou BAC ;

Validation, préservation et distribution des modèles ;

Génotypage.

Analyse phénotypique

Comportement et cognition : observation clinique et réflexes neurologiques de base, capacités motrices sensorielles, activité circadienne et des rythmes biologiques, perception sensorielle, anxiété, dépression et interactions sociales, schizophrénie, apprentissage et mémoire, épilepsie, systèmes sensoriels (audition et vision) ;

Système cardiovasculaire : pression artérielle, électrocardiographie, échocardiographie, exploration vasculaire ;

Système respiratoire : respiration spontanée et réactivité broncho-alvéolaire après challenge par pléthysmographie, recueil et analyse des lavages broncho-alvéolaires, modèles d’asthme (ovalbumine, acariens), d'inflammation (acariens, LPS), de fibrose (bléomycine), emphysème (élastase) et hypertension artérielle pulmonaire (par hypoxie) ;

Exploration métabolique : métabolisme énergétique et osseux, homéostasie glucidique, fonction intestinale, rénale et analyse urinaire, modèles d’athérosclérose et d’inflammation intestinale induite par le DSS ;

Analyse sanguine : biochimie sanguine classique (électrolyse et ions, activités enzymatiques, métabolites), exploration endocrine (hormones intestinales, marqueurs du métabolisme osseux, dosages hormonaux), hématologie et facteurs de la coagulation, immunologie (cytokines, immunoglobulines, cytométrie de flux) ;

Histopathologie : nécropsie et analyse pathologique standardisée, analyse histologique d’échantillons tissulaires (fixation, inclusion, coupe, coloration H&E et panel de colorations spécifiques), immunohistochimie, étude de la prolifération cellulaire et apoptose (incluant un modèle de cicatrisation) ;

Embryologie (souris) : détermination du stade de léthalité, caractérisation des anomalies embryonnaires et périnatales, analyse des embryons par imagerie (µCT, HREM, OPT…) ;

Oncologie (souris) : modèles de xénogreffes, modèles orthotopiques, implantation de cellules tumorales par injection localisée sous échoguidage, par voie sous-cutanée et intraveineuse, suivi des croissances tumorales ;

Microbiome : analyse de la composition bactérienne par métagénomique 16S et analyse des métadonnées générées (PCA, t-SNE, heatmap, LeFSE…).

Moyens et équipements

2 laboratoires de biologie moléculaire (machines PCR, LightCycler, qPCR, dPCR…) ;
Laboratoire de culture cellulaire ;
Laboratoire de génotypage avec plateformes robotiques Tecan et Hamilton ;
Laboratoire de micro-injection et cryoconservation ;
Animalerie pour l’élevage de souris d’une capacité de 15 680 cages ;
Animalerie pour l’élevage de rats d’une capacité de 300 cages ;
Animalerie pour le phénotypage de souris d’une capacité de 2 000 cages incluant 7 plateaux techniques avec les équipements nécessaires à l’étude du comportement, de la cognition, des systèmes sensoriels, du système cardiovasculaire, respiratoire et métabolique, aux analyses sanguines, urinaires, et à l’anatomopathologie ;
Animalerie pour le phénotypage de rats d’une capacité de 135 cages avec les équipements nécessaires à l’étude du comportement (cages d’actimétrie, labyrinthe en Y, rotarod, champ ouvert, piscine de Morris) et à l’exploration cardiaque (ECG, échographe).

Selon le type de projet, génération d’un modèle ou phénotypage, la demande sera orientée vers un responsable, qui reprendra contact avec vous pour définir au mieux les objectifs, étudier sa faisabilité technique, définir le cahier des charges, rédiger une demande d’autorisation et établir un devis. Le projet sera mis en œuvre après validation administrative, technique et éthique en cas de phénotypage. Un chef de projet vous sera dédié pour répondre à vos questions et vous tenir informé de l’état d’avancement de l’étude.

Soumettre un projet

Vous pouvez adresser votre demande au guichet unique de l’infrastructure PHENOMIN.

Ressources

Institut Clinique de la Souris (ICS)
•    http://www.ics-mci.fr/en/resources-and-technologies/
•    http://www.ics-mci.fr/en/services/training-courses/
•    Description de méthodes de modification génétique et édition du génome, et de leur validation, des procédures expérimentales d’analyses fonctionnelles et du processus de distribution de lignées de modèles génétiquement modifiés
o    http://www.ics-mci.fr/en/services/genetic-engineering-offer/
o    http://www.ics-mci.fr/en/services/phenotyping-service-offer/
o    http://www.ics-mci.fr/en/services/find-your-model/

PHENOMIN
•    Modèles disponibles : www.phenomin.fr/en-us/services/models/
•    Investigation de Pathologies et systèmes physiologiques : www.phenomin.fr/en-us/services/disease-investigation/
•    Conseil en conception de protocoles expérimentaux pour vos projets de recherche : www.phenomin.fr/en-us/services/study-design/
•    Données de référence qui sont les valeurs normales recueillies sur des souris de type sauvage C57BL6/N CRL. Les tests ont été réalisés au sein du consortium IMPC, selon les procédures opérationnelles standard d'IMPRESS: www.phenomin.fr/en-us/services/reference-data/
•    Appel d’offre : PHENOMIN et PHENOMIN-ICS proposent régulièrement des appels à projet afin i) de faciliter l'accès de la communauté de recherche française aux services uniques de l'infrastructure nationale et à l'expertise scientifique des centres partenaires de PHENOMIN, donc y compris les services de l'ICS, ii) de fournir de nouvelles lignées de souris qui offrent des opportunités importantes pour faire progresser la connaissance de la fonction des gènes en relation avec le développement humain et les maladies. Les appels sont ouverts aux chercheurs français : www.phenomin.fr/en-us/calls/open-calls/
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•    Formation continue, école thématique: www.phenomin.fr/en-us/services/training-courses/