
GenomEast
GenomEast
RESPONSABLE DE PLATEFORME
Forts d'une expérience de plus de 20 ans, nous proposons une large gamme de services pour explorer les génomes, leur expression et leur régulation, du contrôle qualité des échantillons de départ jusqu'à l'analyse des données. Ces services sont destinés à l'ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée.



La plateforme est membre du noyau central de l'Infrastructure Nationale de Recherche France Génomique.
La plateforme est labellisée IBISA.
La plateforme est certifiée ISO 9001 - NF X 50-900.
Nos prestations
Nos prestations et nos recommandations sont détaillées dans les fiches produits ci-contre.
Actuellement équipés d'un séquenceur HiSeq 4000 Illumina, nous réalisons des projets d'analyse :
du transcriptome :
- RNA-seq
- small RNA-seq
- Single cell RNA-seq (scRNA-seq)
de l'épigénome :
- ChIP-seq
- Cut & Run
- MeDIP-seq
- Nous avons également de l'expérience dans le séquençage de vos librairies ATAC-seq ou Cut & Tag
du génome :
- Régions ciblées du génome (exome, régions d'intérêts)
- Séquençage complet du génome
Pour ces projets, nous préparons et séquençons vos librairies en réalisant des contrôles qualité à chaque étape. Nous pouvons également réaliser l’analyse bioinformatique de vos données. Nous avons une expertise dans une grande variété d’applications et nous avons développé des pipelines bioinformatiques dédiés pour analyser les résultats correspondants.
Alternativement, vous pouvez utiliser notre capacité de séquençage pour séquencer vos propres libraires dans la mesure où elles sont compatibles avec la technologie Illumina.
Fiches produits
- Transcriptomique
- Epigénomique
- Génomique
Besoin d'aide pour le design de votre expérience ?
Consultez nos fiches produit ci-dessus ou nos schémas d’aide à la décision ci-après :
Protocoles de préparation de librairies

Séquençage

Des questions ?
N’hésitez pas à nous contacter (prenom.nom@igbmc.fr) :
Pour les projets portant sur l’ARN : Christelle Thibault et Céline Keime
Pour les projets portant sur l’ADN : Bernard Jost et Stéphanie Le Gras
Soumettre un projet
Comment soumettre un projet à GenomEast ?
Via notre interface web
Quelle procédure suivre ?
Comment envoyer des échantillons à GenomEast ?
Tous nos services sont régis par les conditions générales de vente qui prévalent sur toutes les conditions d'achat, sauf accord écrit de notre part.
Formations
Nous partageons régulièrement nos connaissances et expertises à travers différents enseignements et formations, notamment :
L'UE « High Throughput Approaches » à l’Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS)
L’UE « Omique 2 » du Master 2 Biologie-Santé, parcours Recherche en Biomédecine à l’Université de Strasbourg
Le PhD Program de l’école Universitaire de Recherche IMCBio à Strasbourg
Le DU « Séquençage haut débit et maladies rares » à l'Université de Dijon
L'école de bioinformatique AVIESAN IFB Inserm
L’organisation de formations en bioinformatique pour le séquençage haut débit avec l’Inserm et le CNRS
Membres
Responsable de la plateforme
Christelle Thibault-Carpentier
Traitement des échantillons
- Bernard Jost (responsable)
- Gregory Amann
- Marie Cerciat
- Romain Kaiser
- Christelle Morgenthaler-Roth
- David Rodriguez
- Serge Vicaire
Bioinformatique
- Céline Keime (responsable)
- Matthieu Jung
- Stéphanie Le Gras
- Damien Plassard
- Tao Ye
Ressources
La plateforme est équipée de technologies de pointes parmis lesquelles :

Le séquenceur haut débit HiSeq 4000 (Illumina)

La technologie en cellule unique du Chromium (10x Genomics)

Le système d'électrophorèse capillaire du Fragment Analyzer (Agilent)

Une infrastructure de calcul (Dell, 304 cœurs) et de stockage des données (Lenovo, GPFS, 750 To)
Nos autres équipements:
- C-bot (Illumina)
Flash Reader (Varioskan)
Fluorometer 2.0 (Qubit)
Bioanalyzer 2100 (Agilent)
Réseaux et financements
France Génomique
Notre plateforme est partenaire du réseau France Génomique depuis la sélection initiale du projet dans le cadre des « Investissements d'avenir » en 2011. Ce réseau rassemble et partage les ressources des principales plateformes françaises de génomique et de bioinformatique.
Fondation maladies rares
Depuis 2011, nous sommes l’une des plateformes partenaires de la Fondation Maladies Rares pour la réalisation du programme « GenOmics : séquençage à haut débit & maladies rares » visant à élucider les bases génétiques et moléculaires des maladies rares en s’appuyant sur le séquençage à haut débit.
CORTECS
Nous appartenons depuis 2021 au réseau CORTECS qui regroupe les Plateformes Scientifiques de Recherche et de Services de l’Université de Strasbourg en partenariat avec la SATT Conectus Alsace et les services du CNRS et de l'INSERM.
Notre plateforme a bénéficié d’un soutien financier de nombreux partenaires pour l’acquisition d’équipements et de technologies nécessaires à son développement et pour le financement de personnels, que nous remercions.

Nouvelles applications et technologies
Nous évaluons chaque année de nouvelles applications et technologies pour enrichir notre offre de services. Nous testons actuellement les solutions ATAC-seq et multiome sur cellules uniques de la société 10X Genomics, nous expérimentons également des techniques alternatives à l’analyse sur cellule unique en gouttelettes et nous travaillons à l’implémentation de la technologie Visium de transcriptomique spatiale de 10X Genomics.
Publications
2022
Cell cycle gene regulation dynamics revealed by RNA velocity and deep-learning
- Andrea Riba
- Attila Oravecz
- Matej Durik
- Sara Jiménez
- Violaine Alunni
- Marie Cerciat
- Matthieu Jung
- Céline Keime
- William Keyes
- Nacho Molina
Nature Communications ; Volume: 13 ; Page: 2865
Waves of sumoylation support transcription dynamics during adipocyte differentiation
- Xu Zhao
- Ivo A Hendriks
- Stéphanie Le Gras
- Tao Ye
- Lucía Ramos-Alonso
- Aurélie Nguéa P
- Guro Flor Lien
- Fatemeh Ghasemi
- Arne Klungland
- Bernard Jost
- Jorrit M Enserink
- Michael L Nielsen
- Pierre Chymkowitch
Nucleic Acids Research ; Volume: 50 ; Page: 1351-1369
2021
Analysis of the transcriptome of bovine endometrial cells isolated by laser micro-dissection (2): impacts of post-partum negative energy balance on stromal, glandular and luminal epithelial cells
- Wiruntita Chankeaw
- Sandra Lignier
- Christophe Richard
- Theodoros Ntallaris
- Mariam Raliou
- Yongzhi Guo
- Damien Plassard
- Claudia Bevilacqua
- Olivier Sandra
- Göran Andersson
- Patrice Humblot
- Gilles Charpigny
BMC Genomics ; Volume: 22
Photoreceptor cKO of OTX2 Enhances OTX2 Intercellular Transfer in the Retina and Causes Photophobia
- Pasquale Pensieri
- Annabelle Mantilleri
- Damien Plassard
- Takahisa Furukawa
- Kenneth Moya
- Alain Prochiantz
- Thomas Lamonerie
eNeuro ; Volume: 8 ; Page: ENEURO.0229-21.2021
Helios represses megakaryocyte priming in hematopoietic stem and progenitor cells
- Giovanni Cova
- Chiara Taroni
- Marie-Céline Deau
- Qi Cai
- Vincent Mittelheisser
- Muriel Philipps
- Matthieu Jung
- Marie Cerciat
- Stéphanie Le Gras
- Christelle Thibault-Carpentier
- Bernard Jost
- Leif Carlsson
- Angela Thornton
- Ethan Shevach
- Peggy Kirstetter
- Philippe Kastner
- Susan Chan
Journal of Experimental Medicine ; Volume: 218
Ikaros deficiency is associated with aggressive BCR-ABL1 B cell precursor acute lymphoblastic leukemia independent of the lineage and developmental origin
- Célestine Simand
- Céline Keime
- Aurélie Caye
- Chloé Arfeuille
- Marie Passet
- Rathana Kim
- Helene Cavé
- Emmanuelle Clappier
- Philippe Kastner
- Susan Chan
- Beate Heizmann
Haematologica ; Volume: 107 ; Page: 316-320
Ultrasound and Transcriptomics Identify a Differential Impact of Cisplatin and Histone Deacetylation on Tumor Structure and Microenvironment in a Patient-Derived In Vivo Model of Gastric Cancer
- Aina Venkatasamy
- Eric Guerin
- Anais Blanchet
- Christophe Orvain
- Véronique Devignot
- Matthieu Jung
- Alain C. Jung
- Marie-Pierre Chenard
- Benoit Romain
- Christian Gaiddon
- Georg Mellitzer
MDPI AG ; Volume: 13 ; Page: 1485
Sequential actions of EOMES and T-BET promote stepwise maturation of natural killer cells
- Jiang Zhang
- Stéphanie Le Gras
- Kevin Pouxvielh
- Fabrice Faure
- Lucie Fallone
- Nicolas Kern
- Marion Moreews
- Anne-Laure Mathieu
- Raphaël Schneider
- Quentin Marliac
- Mathieu Jung
- Aurore Berton
- Simon Hayek
- Pierre-Olivier Vidalain
- Antoine Marçais
- Garvin Dodard
- Anne Dejean
- Laurent Brossay
- Yad Ghavi-Helm
- Thierry Walzer
Nature Communications ; Volume: 12 ; Page: 5446
CDK7 and MITF repress a transcription program involved in survival and drug tolerance in melanoma
- Pietro Berico
- Max Cigrang
- Guillaume Davidson
- Cathy Braun
- Jeremy Sandoz
- Stephanie Legras
- Bujamin Hektor Vokshi
- Nevena Slovic
- François Peyresaubes
- Carlos Mario Gene Robles
- Jean‐marc Egly
- Emmanuel Compe
- Irwin Davidson
- Frédéric Coin
EMBO Reports ; Volume: 22 ; Page: e51683
Ultrasound and Transcriptomics Identify a Differential Impact of Cisplatin and Histone Deacetylation on Tumor Structure and Microenvironment in a Patient-Derived In Vivo Model of Gastric Cancer
- Aina Venkatasamy
- Eric Guerin
- Anais Blanchet
- Christophe Orvain
- Véronique Devignot
- Matthieu Jung
- Alain Jung
- Marie-Pierre Chenard
- Benoit Romain
- Christian Gaiddon
- Georg Mellitzer
Pharmaceutics ; Volume: 13 ; Page: 1485
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