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GenomEast

RESPONSABLE DE PLATEFORME

Christelle THIBAULT-CARPENTIER

La plateforme GenomEast est membre de l'Infrastructure Nationale de Recherche France Génomique. Forts d'une expérience de plus de 20 ans, nous proposons une large gamme de services  pour explorer les génomes, leur expression et leur régulation, du contrôle qualité des échantillons de départ jusqu'à l'analyse finale des données. Ces services sont destinés à l'ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée.


Actuellement équipés d'un séquenceur HiSeq 4000 Illumina, nous effectuons en routine des analyses ChIP-seq, DNA-seq et RNA-seq en utilisant une grande variété de protocoles et nous avons développé des pipelines bioinformatiques dédiés pour analyser les résultats correspondants. Au cours des dernières années, nous avons également acquis une expertise dans les technologies de séquençage à l’échelle de la cellule individuelle. Nous avons ainsi une expérience dans l'analyse RNA-seq sur cellule individuelle à l'aide du système microfluidique Fluidigm C1TM, des « BD™ precise assays » sur cellules triées par FACS et plus récemment sur le système Chromium de 10X Genomics. Enfin, nous proposons l'analyse de l'expression génique par Q-PCR à haut débit jusqu'au niveau de la cellule unique avec la technologie Fluidigm Biomark ™.


Pour maintenir des prestations scientifiques de haut niveau, nous nous sommes engagés dans une démarche qualité selon la norme ISO 9001 pour laquelle nous sommes certifiés depuis janvier 2007. Nous avons renforcé cet engagement qualité en janvier 2016 en répondant aux exigences de la norme NF X 50-900, un référentiel français adapté aux besoins scientifiques, techniques et managériaux des plateformes technologiques des sciences du vivant (Politique scientifique et qualité de la plateforme GenomEast).

Projets en cours

RNA-SEQ SUR CELLULE INDIVIDUELLE

Pour enrichir notre panel de services RNA-seq sur cellules individuelles, nous travaillons actuellement à la mise en œuvre du protocole SPLIT-seq de Rosenberg et al (Science, 2018, 360: 176-182) en collaboration avec l'infrastructure Celphedia / Phenomin. Cette méthode qui n'utilise que des équipements de laboratoire de base, permet le profilage de plusieurs dizaines de milliers de cellules en une seule expérience.

Collaborations et réseaux

Fondation maladies rares

Depuis 2011, nous sommes l’une des plateformes partenaires de la Fondation Maladies Rares pour la réalisation du programme « GenOmics : séquençage à haut débit & maladies rares » visant à élucider les bases génétiques et moléculaires des maladies rares en s’appuyant sur le séquençage à haut débit. Les autres partenaires du programme sont le Centre National de Recherche en Génomique Humaine et la Société Integragen à Evry ainsi que les plateformes Génomiques d’Imagine à Paris et de Biogenouest à Nantes.

France Génomique

Notre plateforme est partenaire du réseau France Génomique depuis la sélection initiale du projet dans le cadre des « Investissements d'avenir » en 2011. Ce réseau rassemble et partage les ressources des principales plateformes françaises de génomique et de bioinformatique, pour offrir à la communauté scientifique un parc d’équipements performant et varié ainsi qu’un large catalogue de techniques de pointe dans tous les domaines d’application du séquençage.

CORTECS

Nous appartenons depuis 2021 au réseau CORTECS qui regroupe les Plateformes Scientifiques de Recherche et de Services de l’Université de Strasbourg en partenariat avec la SATT Conectus Alsace et les services du CNRS et de l'INSERM.

Financements et partenaires

Notre plateforme a bénéficié depuis ses débuts d’un soutien financier de nombreux partenaires publics et privés pour l’acquisition d’équipements et de technologies nécessaires à son développement mais aussi pour le financement de personnels.

Prestations disponibles

Différents services pour étudier le génome, son expression et ses variations

La plateforme offre des services de profilage d'expression, de génomique et d'épigénétique, du contrôle de qualité du matériel de départ à l'analyse des données. Pour chaque application, une fiche technique dédiée ci-dessous décrit les services fournis par la plateforme et donne des conseils concernant la préparation des échantillons. La plateforme organise également de nombreuses formations sur la technologie de séquençage profond et la bioinformatique.

Protocole de préparation des librairies

Séquençage

Caractéristiques de séquençages suggérées

Soumettre un projet

La procédure à suivre

Pour soumettre un projet à la structure, veuillez suivre la procédure décrite sur le lien suivant selon si vous êtes un utilisateur IGBMC ou un utilisateur externe.

Nos services sont régis par les conditions générales de vente actuelles qui prévalent sur toutes les conditions d'achat, sauf accord écrit de notre part.

Actualités

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