
GenomEast
GenomEast
RESPONSABLE DE PLATEFORME
Forts d'une expérience de plus de 20 ans, nous proposons une large gamme de services pour explorer les génomes, leur expression et leur régulation, du contrôle qualité des échantillons de départ jusqu'à l'analyse des données. Ces services sont destinés à l'ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée.



La plateforme est membre du noyau central de l'Infrastructure Nationale de Recherche France Génomique.
La plateforme est labellisée IBISA.
La plateforme est certifiée ISO 9001 - NF X 50-900.
Nos prestations
Nos prestations et nos recommandations sont détaillées dans les fiches produits ci-contre.
Actuellement équipés des séquenceur NextSeq 2000 Illumina et DNBSEQ-G400 de MGI, nous réalisons des projets d'analyse :
du transcriptome :
- RNA-seq
- Single cell RNA-seq (scRNA-seq)
- Transcriptomique spatiale
de l'épigénome :
- ChIP-seq
- Cut & Run
- MeDIP-seq
- Nous avons également de l'expérience dans le séquençage de vos librairies ATAC-seq ou Cut & Tag
du génome :
- Régions ciblées du génome (exome, régions d'intérêts)
- Séquençage complet du génome
multiomique :
- Expression des gènes + ATAC en cellule unique
Pour ces projets, nous préparons et séquençons vos librairies en réalisant des contrôles qualité à chaque étape. Nous pouvons également réaliser l’analyse bioinformatique de vos données. Nous avons une expertise dans une grande variété d’applications et nous avons développé des pipelines bioinformatiques dédiés pour analyser les résultats correspondants.
Alternativement, vous pouvez utiliser notre capacité de séquençage pour séquencer vos propres libraires dans la mesure où elles sont compatibles avec la technologie Illumina.
Fiches produits
- Transcriptomique
- Epigénomique
Multiomique
- Génomique
Besoin d'aide pour le design de votre expérience ?
Consultez nos fiches produit ci-dessus ou nos schémas d’aide à la décision ci-après :
Librairies

Cellules / Noyaux uniques

Transcriptomique spatiale

Séquençage

Des questions ?
N’hésitez pas à nous contacter (prenom.nom@igbmc.fr) :
Pour les projets portant sur l’ARN : Christelle Thibault et Céline Keime
Pour les projets portant sur l’ADN : Bernard Jost et Stéphanie Le Gras
Soumettre un projet
Comment soumettre un projet à GenomEast ?
Via notre interface web
Quelle procédure suivre ?
Comment envoyer des échantillons à GenomEast ?
Tous nos services sont régis par les conditions générales de vente qui prévalent sur toutes les conditions d'achat, sauf accord écrit de notre part. Vous pouvez également consulter notre plan de gestion des données.
Formations
Nous partageons régulièrement nos connaissances et expertises à travers différents enseignements et formations, notamment :
L'UE « High Throughput Approaches » à l’Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS)
L’UE « Omique 2 » du Master 2 Biologie-Santé, parcours Recherche en Biomédecine à l’Université de Strasbourg
Le PhD Program de l’école Universitaire de Recherche IMCBio à Strasbourg
Le DU « Séquençage haut débit et maladies rares » à l'Université de Dijon
L'école de bioinformatique AVIESAN IFB Inserm
L’organisation de formations en bioinformatique pour le séquençage haut débit avec l’Inserm et le CNRS
Membres
Responsable de la plateforme
Christelle Thibault-Carpentier
Traitement des échantillons
- Bernard Jost (responsable)
- Marie Cerciat
- Amal El Amri
- Romain Kaiser
- Christelle Morgenthaler-Roth
- Angélique Pichot
- David Rodriguez
- Serge Vicaire
Bioinformatique
- Céline Keime (responsable)
- Matthieu Jung
- Stéphanie Le Gras
- Damien Plassard
- Tao Ye
Ressources
La plateforme est équipée de technologies de pointes parmis lesquelles :

Le séquenceur haut débit NextSeq 2000 (Illumina)

Le séquenceur haut débit DNBSEQ-G400 (MGI)

La technologie en cellule unique du Chromium X (10x Genomics)

La technologie spatial Visium CytAssist (10X Genomics)
Nos autres équipements:
- Séquençage haut débit : iSeq100 (Illumina)
- Nanofluidique haut debit : Chromium Controller (10X Genomics)
- Transcriptomique spatiale : GeoMx Digital Spatial Profiler (NanoString)
- Contrôle qualité : Flash Reader Varioskan et Qubit Fluorometer (Thermo Fisher), 2100 Bioanalyzer et Fragment Analyzer AATI (Agilent)
- Sonicateur : E220 AFA system (Covaris)
- Infrastructure informatique : calcul (Dell) : 304 cœurs, stockage (Lenovo, GPFS) : 750 To
Réseaux et financements
France Génomique
Notre plateforme est partenaire du réseau France Génomique depuis la sélection initiale du projet dans le cadre des « Investissements d'avenir » en 2011. Ce réseau rassemble et partage les ressources des principales plateformes françaises de génomique et de bioinformatique.
Fondation maladies rares
Depuis 2011, nous sommes l’une des plateformes partenaires de la Fondation Maladies Rares pour la réalisation du programme « GenOmics : séquençage à haut débit & maladies rares » visant à élucider les bases génétiques et moléculaires des maladies rares en s’appuyant sur le séquençage à haut débit.
Notre plateforme a bénéficié d’un soutien financier de nombreux partenaires pour l’acquisition d’équipements et de technologies nécessaires à son développement et pour le financement de personnels, que nous remercions.

Nouvelles applications et technologies
Au cours des dernières années, nous avons acquis une solide expérience dans les technologies de séquençage pour cellule unique (prix « Expertises Recherche » 2021 de l’Université de Strasbourg). Nous continuons à implémenter de nouvelles applications chaque année. En parallèle, nous travaillons à la mise en œuvre de deux technologies de transcriptomique spatiale complémentaires, les technologies Visium de 10X Genomics et GeoMx de NanoString.
Publications
-
2024
-
FGF8-mediated gene regulation affects regional identity in human cerebral organoids
- Michele Bertacchi
- Gwendoline Maharaux
- Agnès Loubat
- Matthieu Jung
- Michèle Studer
eLife Sciences Publications, Ltd ; Volume: 13
-
Breast Implant Silicone Exposure Induces Immunogenic Response and Autoimmune Markers in Human Periprosthetic Tissue
- Isabelle Pluvy
- Eve Randrianaridera
- Ismail Tahmaz
- Martine Melin
- Florelle Gindraux
- Céline Keime
- Arnaud Ponche
- Tatiana Petithory
- Laurent Pieuchot
- Karine Anselme
- Isabelle Brigaud
Elsevier BV
-
RNA polymerase II transcription initiation in holo-TFIID-depleted mouse embryonic stem cells
- Vincent Hisler
- Paul Bardot
- Dylane Detilleux
- Andrea Bernardini
- Matthieu Stierle
- Emmanuel Garcia Sanchez
- Claire Richard
- Lynda Hadj Arab
- Cynthia Ehrhard
- Bastien Morlet
- Yavor Hadzhiev
- Matthieu Jung
- Stéphanie Le Gras
- Luc Négroni
- Ferenc Müller
- László Tora
- Stéphane Vincent
Cell Reports ; Volume: 43 ; Page: 114791
-
Dysregulated expression of cholesterol biosynthetic genes in Alzheimer's disease alters epigenomic signatures of hippocampal neurons
- Isabel Paiva
- Jonathan Seguin
- Iris Grgurina
- Akash Kumar Singh
- Brigitte Cosquer
- Damien Plassard
- Laura Tzeplaeff
- Stephanie Le Gras
- Ludovica Cotellessa
- Charles Decraene
- Johanne Gambi
- Rafael Alcala-Vida
- Muthusamy Eswaramoorthy
- Luc Buée
- Jean-Christophe Cassel
- Paolo Giacobini
- David Blum
- Karine Merienne
- Tapas Kundu
- Anne-Laurence Boutillier
Neurobiology of Disease ; Volume: 198 ; Page: 106538
-
Inhibition of topoisomerase 2 catalytic activity impacts the integrity of heterochromatin and repetitive DNA and leads to interlinks between clustered repeats
- Michalis Amoiridis
- John Verigos
- Karen Meaburn
- William H. Gittens
- Tao Ye
- Matthew J. Neale
- Evi Soutoglou
Springer Science and Business Media LLC ; Volume: 15
-
Neuronal A2A receptor exacerbates synapse loss and memory deficits in APP/PS1 mice
- V. Gomez-Murcia
- Agathe Launay
- K. Carvalho
- A. Burgard
- C. Meriaux
- Raphaelle Caillierez
- Sabiha Eddarkaoui
- Devrim Kilinc
- Dolores Siedlecki
- Melanie Besegher
- S. Bégard
- Bryan Thiroux
- M. Jung
- Ouada Nebie
- Maxence Wisztorski
- N. Déglon
- C. Montmasson
- A. P. Bemelmans
- Malika Hamdane
- Thibaud Lebouvier
- ...
Brain - A Journal of Neurology ; Volume: 147 ; Page: 2691–2705
-
Dysregulated expression of cholesterol biosynthetic genes in Alzheimer's disease alters epigenomic signatures of hippocampal neurons
- I. Paiva
- J. Seguin
- I. Grgurina
- A. K. Singh
- B. Cosquer
- D. Plassard
- L. Tzeplaeff
- S. Le Gras
- Ludovica Cotellessa
- C. Decraene
- J. Gambi
- R. Alcala-Vida
- M. Eswaramoorthy
- Luc Buee
- J. C. Cassel
- Paolo Giacobini
- David Blum
- K. Merienne
- T. K. Kundu
- A. L. Boutillier
Neurobiology of Disease ; Volume: 198 ; Page: 106538
-
LSD1 inhibition circumvents glucocorticoid-induced muscle wasting of male mice
- Qingshuang Cai
- Rajesh Sahu
- Vanessa Ueberschlag-Pitiot
- Sirine Souali-Crespo
- Céline Charvet
- Ilyes Silem
- Félicie Cottard
- Tao Ye
- Fatima Taleb
- Eric Metzger
- Roland Schuele
- Isabelle Billas
- Gilles Laverny
- Daniel Metzger
- Delphine Duteil
Nature Communications ; Volume: 15 ; Page: 3563
-
AAV-Mediated CAG-Targeting Selectively Reduces Polyglutamine-Expanded Protein and Attenuates Disease Phenotypes in a Spinocerebellar Ataxia Mouse Model
- Anna Niewiadomska-Cimicka
- Lorraine Fievet
- Magdalena Surdyka
- Ewelina Jesion
- Céline Keime
- Elisabeth Singer
- Aurelie Eisenmann
- Zaneta Kalinowska-Poska
- Hoa Huu Phuc Nguyen
- Agnieszka Fiszer
- Maciej Figiel
- Yvon Trottier
International Journal of Molecular Sciences ; Volume: 25 ; Page: 4354
-
The AMPK-related kinase NUAK1 controls cortical axons branching by locally modulating mitochondrial metabolic functions
- Marine Lanfranchi
- Sozerko Yandiev
- Géraldine Meyer-Dilhet
- Salma Ellouze
- Martijn Kerkhofs
- Raphael dos Reis
- Audrey Garcia
- Camille Blondet
- Alizée Amar
- Anita Kneppers
- Hélène Polvèche
- Damien Plassard
- Marc Foretz
- Benoit Viollet
- Kei Sakamoto
- Rémi Mounier
- Cyril F Bourgeois
- Olivier Raineteau
- Evelyne Goillot
- Julien Courchet
Nature Communications ; Volume: 15 ; Page: 2487
-
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