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GenomEast

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RESPONSABLE DE PLATEFORME

Christelle THIBAULT-CARPENTIER

Forts d'une expérience de plus de 20 ans, nous proposons une large gamme de services pour explorer les génomes, leur expression et leur régulation, du contrôle qualité des échantillons de départ jusqu'à l'analyse des données. Ces services sont destinés à l'ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée.

La plateforme est membre du noyau central de l'Infrastructure Nationale de Recherche France Génomique. 

La plateforme est labellisée IBISA.

La plateforme est certifiée ISO 9001 - NF X 50-900.

Notre politique scientifique et qualité.

Nos prestations

Nos prestations et nos recommandations sont détaillées dans les fiches produits ci-contre.

Actuellement équipés des séquenceur NextSeq 2000 Illumina et DNBSEQ-G400 de MGI, nous réalisons des projets d'analyse :

du transcriptome :

  • RNA-seq
  • small RNA-seq
  • Single cell RNA-seq (scRNA-seq)
  • Transcriptomique spatiale

de l'épigénome :

  • ChIP-seq
  • Cut & Run
  • MeDIP-seq
  • Nous avons également de l'expérience dans le séquençage de vos librairies ATAC-seq ou Cut & Tag

du génome :

  • Régions ciblées du génome (exome, régions d'intérêts)
  • Séquençage complet du génome

multiomique :

  • Expression des gènes + ATAC en cellule unique

Pour ces projets, nous préparons et séquençons vos librairies en réalisant des contrôles qualité à chaque étape. Nous pouvons également réaliser l’analyse bioinformatique de vos données. Nous avons une expertise dans une grande variété d’applications et nous avons développé des pipelines bioinformatiques dédiés pour analyser les résultats correspondants. 

 

Alternativement, vous pouvez utiliser notre capacité de séquençage pour séquencer vos propres libraires dans la mesure où elles sont compatibles avec la technologie Illumina. 

Besoin d'aide pour le design de votre expérience ?

Consultez nos fiches produit ci-dessus ou nos schémas d’aide à la décision ci-après :

Protocoles de préparation de librairies

Séquençage

Caractéristiques de séquençage suggérées

Des questions ?

N’hésitez pas à nous contacter (prenom.nom@igbmc.fr) :

  • Pour les projets portant sur l’ARN : Christelle Thibault et Céline Keime

  • Pour les projets portant sur l’ADN : Bernard Jost et Stéphanie Le Gras

Soumettre un projet

Comment soumettre un projet à GenomEast ?

Via notre interface web

Comment envoyer des échantillons à GenomEast ?

Consultez la documentation suivante

Tous nos services sont régis par les conditions générales de vente qui prévalent sur toutes les conditions d'achat, sauf accord écrit de notre part.

Formations

Nous partageons régulièrement nos connaissances et expertises à travers différents enseignements et formations, notamment : 

  • L'UE « High Throughput Approaches » à l’Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS)

  • L’UE « Omique 2 » du Master 2 Biologie-Santé, parcours Recherche en Biomédecine à l’Université de Strasbourg

  • Le PhD Program de l’école Universitaire de Recherche IMCBio à Strasbourg

  • Le DU « Séquençage haut débit et maladies rares » à l'Université de Dijon

  • L'école de bioinformatique AVIESAN IFB Inserm

  • L’organisation de formations en bioinformatique pour le séquençage haut débit avec l’Inserm et le CNRS

Membres

Responsable de la plateforme

Christelle Thibault-Carpentier

Traitement des échantillons

  • Bernard Jost (responsable)
  • Marie Cerciat
  • Amal El Amri
  • Romain Kaiser
  • Christelle Morgenthaler-Roth
  • Damien Mouton
  • David Rodriguez
  • Serge Vicaire

Bioinformatique

  • Céline Keime (responsable)
  • Matthieu Jung
  • Valentine Gilbart
  • Stéphanie Le Gras
  • Damien Plassard
  • Tao Ye

Ressources

La plateforme est équipée de technologies de pointes parmis lesquelles : 

Le séquenceur haut débit NextSeq 2000 (Illumina)

Le séquenceur haut débit DNBSEQ-G400 (MGI)

La technologie en cellule unique du Chromium iX (10x Genomics)

La technologie spatial Visium CytAssist (10X Genomics)

Nos autres équipements:

  • Séquençage haut débit : iSeq100 (Illumina)
  • Nanofluidique haut debit : Chromium Controller (10X Genomics)
  • Transcriptomique spatiale : GeoMx Digital Spatial Profiler (NanoString)
  • Contrôle qualité : Flash Reader Varioskan et Qubit Fluorometer (Thermo Fisher), 2100 Bioanalyzer et Fragment Analyzer AATI (Agilent)
  • Sonicateur : E220 AFA system (Covaris)
  • Infrastructure informatique : calcul (Dell) : 304 cœurs, stockage (Lenovo, GPFS) : 750 To

Réseaux et financements

France Génomique

Notre plateforme est partenaire du réseau France Génomique depuis la sélection initiale du projet dans le cadre des « Investissements d'avenir » en 2011. Ce réseau rassemble et partage les ressources des principales plateformes françaises de génomique et de bioinformatique.

Fondation maladies rares

Depuis 2011, nous sommes l’une des plateformes partenaires de la Fondation Maladies Rares pour la réalisation du programme « GenOmics : séquençage à haut débit & maladies rares » visant à élucider les bases génétiques et moléculaires des maladies rares en s’appuyant sur le séquençage à haut débit.

CORTECS

Nous appartenons depuis 2021 au réseau CORTECS qui regroupe les Plateformes Scientifiques de Recherche et de Services de l’Université de Strasbourg en partenariat avec la SATT Conectus Alsace et les services du CNRS et de l'INSERM.

Notre plateforme a bénéficié d’un soutien financier de nombreux partenaires pour l’acquisition d’équipements et de technologies nécessaires à son développement et pour le financement de personnels, que nous remercions.

Nouvelles applications et technologies

Au cours des dernières années, nous avons acquis une solide expérience dans les technologies de séquençage pour cellule unique (prix « Expertises Recherche » 2021 de l’Université de Strasbourg). Nous continuons à implémenter de nouvelles applications chaque année. En parallèle, nous travaillons à la mise en œuvre de deux technologies de transcriptomique spatiale complémentaires, les technologies Visium de 10X Genomics et GeoMx de NanoString.

Publications