Félicitations à Ana MILINSKI pour l'acceptation de sa thèse !

Résumé de ses travaux de recherche :
Dans le cadre de mes travaux de thèse, j’ai utilisé des approches computationnelles (in silico) pour étudier la dynamique structurale de la protéine PPARγ (PPARgamma). Ces recherches s'inscrivaient dans un projet collaboratif financé par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR), où nous avons combiné des simulations de dynamique moléculaire (MD) à des analyses de spectroscopie infrarouge (IR). La comparaison de nos simulations moléculaires aux données expérimentales, notamment en termes de contenu en structures secondaires et de spectres IR, nous a permis de valider et d’exploiter des données simulées afin d’analyser les mouvements corrélés de notre protéine d’intérêt. Les mouvements corrélés sont des mouvements de basse fréquence, impliquant la totalité de la protéine, qui jouent un rôle clé dans des processus biologiques tels que les transitions allostériques, la reconnaissance des ligands ou l’activité enzymatique.
L’approche développée a été appliquée à divers formes du récepteur nucléaire PPARγ, tels que la forme sauvage (wild-type), deux formes mutées (mutations cancérigènes) et la protéine fixée à divers ligands (protéiques ou petites molécules). Nous avons mis en évidence des différences dans les mouvements corrélés entre ces systèmes de PPARγ. De plus, nous avons étudié l’effet de la polarisation électronique sur les mouvements corrélés de cette protéine, ce qui a permis d’approfondir notre compréhension de son comportement dynamique.
 

Lien vers 2 publications importantes :
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0160412022001295?via%3Dihub
https://www.pnas.org/doi/abs/10.1073/pnas.2319951121
 

Compétences acquises à l'IGBMC :
Durant les quatre dernières années passées à l'IGBMC, j'ai acquis des compétences en modélisation moléculaire, en simulations de dynamique moléculaire, et en analyse des données. J'ai développé une expérience en recherche bibliographique, en synthèse et en rédaction, ainsi qu'en présentation écrite et orale.
 

Vie à l'IGBMC :
J'ai passé de très belles années au sein de l'IGBMC et j'ai fait beaucoup de rencontres pour lesquelles je suis très reconnaissante. J'ai particulièrement apprécié la qualité de la recherche et de l'enseignement. Je suis également reconnaissante envers le personnel administratif pour leur excellent travail et leur organisation au sein de l'institut.
 

Collaborations 
Mon projet principal était une collaboration avec l'équipe de Prof. Petra Hellwig, à l'UMR 7140 à Strasbourg.
J'ai aussi (ponctuellement) participé aux projets entre mon équipe et

1. l'équipe d' Odd André Karlsen, à l'Université de Bergen en Norvège
2. l'équipe de Benoît Marteyn, de l'institut IBMC, à Strasbourg.
    

Son financement
Le projet a été financé par l'ANR (3 ans). Pour financer la quatrième année j'ai eu un poste de demi-ATER à l'Université.
 

Projets futurs :
Mon avenir a déjà commencé - j'ai commencé à travailler en septembre 2024 dans l'entreprise de biotechnologie Apmonia Therapeutics à Reims, France, en tant qu'ingénieur de recherche. Mon projet porte sur la conception de traitements oncologiques, et plus précisément, je suis responsable de la modélisation des peptides ciblant les protéines de la matrice extracellulaire.