Genomeast déploie une nouvelle plateforme de séquençage : le MGI DNBSEQ G400RS

Profitant de l’ouverture récente du marché du séquençage à la concurrence, avec l’expiration de plusieurs brevets clés d’Illumina, Genomeast a saisi l’opportunité fin 2022 d’évaluer la technologie DNBSEQ™ de MGI, une solution alternative pour le séquençage de lectures courtes. La plateforme vient de signer un contrat de mise à disposition de leur séquenceur pour une durée de 1 à 2 ans. Ce nouveau système lui permet de proposer des tarifs compétitifs pour des applications nécessitant une couverture importante comme le WGS ou certains projets de RNA-seq (total ou polyA), avec une qualité de séquençage équivalente voir légèrement meilleure à celle de la technologie Illumina.

Principales différences entre les techniques de séquençage MGI et Illumina

 
(source : https://doi.org/10.1186/s12864-019-5965-x)

Les deux technologies diffèrent essentiellement dans la construction des librairies de séquençage et leur amplification. Ainsi, la technologie DNBSEQ™ utilise des librairies simple brin circulaires avec un adaptateur central qui sont amplifiées par un système de réplication par cercle roulant (rolling circle replication) produisant des DNA nanoballs (DNB). Chaque DNB va ensuite se fixer par liaisons ioniques dans un puits de la flowcell.  La technologie Illumina utilise quant à elle des librairies double brin linéaires avec un adaptateur à chaque extrémité qui sont hybridées puis amplifiées en clusters par une PCR par pont. Le séquençage en lui-même fait intervenir sur les deux plateformes des flowcells ordonnées et une méthode de séquençage par synthèse.

Grâce à sa méthode d’amplification linéaire des DNB, dans laquelle chaque réplica est généré à partir de la même matrice d’origine, la solution DNBSEQ™ ne produit pas d’erreur d’amplification clonale propre à la PCR, ni de saut d’indexes (index hopping) détectables. Elle génère également un taux très limité de séquences dupliquées.

Prestations aujourd’hui disponibles sur le DNBSEQ G400RS

Le séquenceur MGI peut accueillir deux flowcells en parallèle divisées en 4 pistes indépendantes chacune. Il est compatible uniquement avec les kits de préparation de librairies MGI. Les pipelines d’analyse développés par Genomeast pour les données Illumina sont quant à eux compatibles avec les données MGI.

*selon les engagements MGI dans notre contrat ; # SR : Single Read ; PE : Paired-End

Les tarifs MGI sont particulièrement intéressants pour les consommables de séquençage en mode paired-end 2x100 bp (PE100) ou 2x150 bp (PE150). Ces conditions nous permettent aujourd’hui de proposer à nos utilisateurs par exemple une prestation de WGS, à un prix attractif de 836 € HT/Genome (~3Gb) tout compris, avec une couverture minimale de 30X à raison de 5 échantillons par flow cell PE150. Pour les prestations de RNA-seq (total ou polyA), l’utilisation de la technologie MGI revêt un intérêt pour des projets nécessitant de séquencer en « paired-end » et avec une profondeur importante, comme par exemple une analyse des évènements d’épissage alternatif. Les tarifs des prestations sont disponibles sur l’interface web.

Veuillez noter que tous les projets soumis devront impérativement utiliser des flowcells entières pour limiter les délais de séquençage.

D’autres applications sont actuellement disponibles chez le fournisseur et pourront être rajoutées aucatalogue selon la demande des utilisateurs.