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Responsable de l’activité de transcriptomique spatiale

La plateforme GenomEast, hébergée à l’Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC) et membre de l’infrastructure nationale « France Génomique » fournit une expertise, des services, et réalise des développements en transcriptomique, épigénétique et génomique pour l’ensemble de la communauté scientifique nationale et internationale.

En collaboration avec le service d’histopathologie de la Clinique de la Souris, la plateforme d’imagerie de l’IGBMC et le projet européen de collaboration P4Health, GenomEast souhaite aujourd’hui renforcer son activité de transcriptomique spatiale en recherche fondamentale et translationnelle.

Référence
RCT0062-2025

Type de contrat
CDD

Date de publication
23/12/2025

Activités

  • Gérer les prestations de service en vigueur sur la plateforme
  • Piloter les projets de développement (conception, mise en œuvre, suivi, analyse, compte rendu)
  • Conduire la mise en production des nouveaux développements retenus
  • Diffuser et valoriser les résultats des projets de développement auprès des collaborateurs de la plateforme et au sein des réseaux professionnels auxquels elle appartient (site internet, poster, présentation orale, publication)
  • Réaliser une veille scientifique et technologique en lien avec la transcriptomique spatiale
  • Préparer des protocoles détaillés et établir des procédures opératoires standardisées (SOP) pour la réalisation des études de transcriptomique spatiale et garantir une analyse et un reporting de haute qualité
  • Définir les contrôles qualité nécessaires aux différentes étapes des expérimentations
  • Collaborer avec les équipes scientifiques et les acteurs des institutions partenaires P4Health pour adapter les méthodologies en fonction des résultats des projets et des défis émergents
  • Fournir un accompagnement scientifique et un support de dépannage aux équipes et aux partenaires P4Health
  • Garantir une documentation adéquate et une traçabilité complète des activités des projets, à des fins d’audit et d’évaluation, conformément aux standards FAIR

Compétences techniques

Connaissances

  • Bonnes connaissances en histopathologie et en techniques d’imagerie
  • Connaissances générales en biologie cellulaire et moléculaire
  • Connaissances de base des approches en transcriptomique, génomique et/ou épigénétique par séquençage à haut débit
  • Connaissance du fonctionnement des plateformes de recherche en sciences du vivant
  • Maîtrise de l’anglais scientifique à l’oral et à l’écrit
  • Connaissance générale de la Norme ISO 9001

 

Compétences opérationnelles

  • Expérience significative en histologie, Immunomarquage et microscopie à fluorescence
  • Expérience pratique de la gestion et de l’analyse d’images microscopiques (Exemple Image J)
  • Maîtrise des techniques générales de biologie moléculaire (extraction, purification, hybridation, marquage, amplification d’acides nucléiques)
  • Une première expérience sur le pilotage d’un séquenceur Illumina ou sur la préparation de banque de séquençage haut débit serait un plus.

 

Compétences comportementales

  • Capacité de synthèse et de présentation à l’oral et à l’écrit.
  • Capacité à transmettre un savoir-faire technique
  • Aptitude au dialogue avec des scientifiques issus de différents domaines
  • Rigueur et organisation
  • Sens du service
  • Respect des règles de déontologie et de confidentialité
  • Planification et gestion des priorités
  • Esprit critique et curiosité scientifique
  • Travail en équipe

Informations complémentaires

Variabilité éventuelle des horaires de travail selon disponibilité des échantillons, déplacements éventuels pour des séminaires, des formations ou des réunions P4Health.

Modalités de candidature

Envoyer Lettre de motivation et CV à Mme Dominique BROCARD dacker@gbmc.fr sous la référence RCT0062-2025

Associé à :

Missions

Vous prendrez la responsabilité de l’activité de transcriptomique spatiale sur la plateforme GenomEast qui concerne la mise en œuvre de trois technologies complémentaires, les solutions Xenium et Visium de 10X Genomics et le système GeoMx DSP de Bruker. Vous conseillerez les utilisateurs sur la technologie la plus appropriée à leur problématique, vous assurerez la coordination expérimentale des projets en travaillant à l’interface entre le service d'histopathologie, la plateforme d'imagerie et la plateforme GenomEast. Par une veille technologique et scientifique active, vous contribuerez à l’évaluation de nouveaux protocoles et technologies dans le but d’améliorer et d’étendre les prestations de la plateforme. Enfin, vous participerez au projet P4Health en partageant votre expertise lors des échanges scientifiques et technologiques organisés entre les institutions partenaires, en développant des protocoles opératoires standardisés et en rédigeant les rapports liés à l’avancement du projet.

Profil

Niveau Master 2 avec un premier stage dans l’un des domaines d’activité suivants : histologie, imagerie du vivant et/ou biologie cellulaire et moléculaire.

Aptitudes

  • Contribuer aux activités communes de l’équipe (maintien et développement du Système de Management de la Qualité, mise en œuvre du dispositif Hygiène et Sécurité, gestion des échantillons, des réactifs et des consommables, entretien et suivi des équipements) 
  • Participer aux réunions du consortium P4Health