
GenomEast
GenomEast
RESPONSABLE DE PLATEFORME
Forts d'une expérience de plus de 20 ans, nous proposons une large gamme de services pour explorer les génomes, leur expression et leur régulation, du contrôle qualité des échantillons de départ jusqu'à l'analyse des données. Ces services sont destinés à l'ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée.



La plateforme est membre du noyau central de l'Infrastructure Nationale de Recherche France Génomique.
La plateforme est labellisée IBISA.
La plateforme est certifiée ISO 9001 - NF X 50-900.
Nos prestations
Nos prestations et nos recommandations sont détaillées dans les fiches produits ci-contre.
Actuellement équipés d'un séquenceur HiSeq 4000 Illumina, nous réalisons des projets d'analyse :
du transcriptome :
- RNA-seq
- small RNA-seq
- Single cell RNA-seq (scRNA-seq)
de l'épigénome :
- ChIP-seq
- Cut & Run
- MeDIP-seq
- Nous avons également de l'expérience dans le séquençage de vos librairies ATAC-seq ou Cut & Tag
du génome :
- Régions ciblées du génome (exome, régions d'intérêts)
- Séquençage complet du génome
Pour ces projets, nous préparons et séquençons vos librairies en réalisant des contrôles qualité à chaque étape. Nous pouvons également réaliser l’analyse bioinformatique de vos données. Nous avons une expertise dans une grande variété d’applications et nous avons développé des pipelines bioinformatiques dédiés pour analyser les résultats correspondants.
Alternativement, vous pouvez utiliser notre capacité de séquençage pour séquencer vos propres libraires dans la mesure où elles sont compatibles avec la technologie Illumina.
Fiches produits
- Transcriptomique
- Epigénomique
- Génomique
Besoin d'aide pour le design de votre expérience ?
Consultez nos fiches produit ci-dessus ou nos schémas d’aide à la décision ci-après :
Protocoles de préparation de librairies

Séquençage

Des questions ?
N’hésitez pas à nous contacter (prenom.nom@igbmc.fr) :
Pour les projets portant sur l’ARN : Christelle Thibault et Céline Keime
Pour les projets portant sur l’ADN : Bernard Jost et Stéphanie Le Gras
Soumettre un projet
Comment soumettre un projet à GenomEast ?
Via notre interface web
Quelle procédure suivre ?
Comment envoyer des échantillons à GenomEast ?
Tous nos services sont régis par les conditions générales de vente qui prévalent sur toutes les conditions d'achat, sauf accord écrit de notre part.
Formations
Nous partageons régulièrement nos connaissances et expertises à travers différents enseignements et formations, notamment :
L'UE « High Throughput Approaches » à l’Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS)
L’UE « Omique 2 » du Master 2 Biologie-Santé, parcours Recherche en Biomédecine à l’Université de Strasbourg
Le PhD Program de l’école Universitaire de Recherche IMCBio à Strasbourg
Le DU « Séquençage haut débit et maladies rares » à l'Université de Dijon
L'école de bioinformatique AVIESAN IFB Inserm
L’organisation de formations en bioinformatique pour le séquençage haut débit avec l’Inserm et le CNRS
Membres
Responsable de la plateforme
Christelle Thibault-Carpentier
Traitement des échantillons
- Bernard Jost (responsable)
- Gregory Amann
- Marie Cerciat
- Romain Kaiser
- Christelle Morgenthaler-Roth
- David Rodriguez
- Serge Vicaire
Bioinformatique
- Céline Keime (responsable)
- Matthieu Jung
- Stéphanie Le Gras
- Damien Plassard
- Tao Ye
Ressources
La plateforme est équipée de technologies de pointes parmis lesquelles :

Le séquenceur haut débit HiSeq 4000 (Illumina)

La technologie en cellule unique du Chromium (10x Genomics)

Le système d'électrophorèse capillaire du Fragment Analyzer (Agilent)

Une infrastructure de calcul (Dell, 304 cœurs) et de stockage des données (Lenovo, GPFS, 750 To)
Nos autres équipements:
- C-bot (Illumina)
Flash Reader (Varioskan)
Fluorometer 2.0 (Qubit)
Bioanalyzer 2100 (Agilent)
Réseaux et financements
France Génomique
Notre plateforme est partenaire du réseau France Génomique depuis la sélection initiale du projet dans le cadre des « Investissements d'avenir » en 2011. Ce réseau rassemble et partage les ressources des principales plateformes françaises de génomique et de bioinformatique.
Fondation maladies rares
Depuis 2011, nous sommes l’une des plateformes partenaires de la Fondation Maladies Rares pour la réalisation du programme « GenOmics : séquençage à haut débit & maladies rares » visant à élucider les bases génétiques et moléculaires des maladies rares en s’appuyant sur le séquençage à haut débit.
CORTECS
Nous appartenons depuis 2021 au réseau CORTECS qui regroupe les Plateformes Scientifiques de Recherche et de Services de l’Université de Strasbourg en partenariat avec la SATT Conectus Alsace et les services du CNRS et de l'INSERM.
Notre plateforme a bénéficié d’un soutien financier de nombreux partenaires pour l’acquisition d’équipements et de technologies nécessaires à son développement et pour le financement de personnels, que nous remercions.

Nouvelles applications et technologies
Nous évaluons chaque année de nouvelles applications et technologies pour enrichir notre offre de services. Nous testons actuellement les solutions ATAC-seq et multiome sur cellules uniques de la société 10X Genomics, nous expérimentons également des techniques alternatives à l’analyse sur cellule unique en gouttelettes et nous travaillons à l’implémentation de la technologie Visium de transcriptomique spatiale de 10X Genomics.
Publications
2021
Adhesion receptor ADGRG2/GPR64 is in the GI-tract selectively expressed in mature intestinal tuft cells
- Kaare V. Grunddal
- Sarah Tonack
- Kristoffer L. Egerod
- Jonanthan James Thompson
- Natalia Petersen
- Maja S. Engelstoft
- Constance Vagne
- Céline Keime
- Gerard Gradwohl
- Stefan Offermanns
- Thue W. Schwartz
Molecular metabolism ; Volume: 51
Photoreceptor cKO of OTX2 Enhances OTX2 Intercellular Transfer in the Retina and Causes Photophobia
- Pasquale Pensieri
- Annabelle Mantilleri
- Damien Plassard
- Takahisa Furukawa
- Kenneth L Moya
- Alain Prochiantz
- Thomas Lamonerie
eNeuro ; Volume: 8 ; Page: 1-22
Extensive NEUROG3 occupancy in the human pancreatic endocrine gene regulatory network
- Valérie Schreiber
- Reuben Mercier
- Sara Jiménez
- Tao Ye
- Emmanuel García-Sánchez
- Annabelle Klein
- Aline Meunier
- Sabitri Ghimire
- Catherine Birck
- Bernard Jost
- Kristian Honnens de Lichtenberg
- Christian Honoré
- Palle Serup
- Gérard Gradwohl
Molecular metabolism ; Volume: 53 ; Page: 101313
The related coactivator complexes SAGA and ATAC control embryonic stem cell self-renewal through acetyltransferase-independent mechanisms
- Veronique Fischer
- Damien Plassard
- Tao Ye
- Bernardo Reina-San-Martin
- Matthieu Stierle
- Laszlo Tora
- Didier Devys
Cell Reports ; Volume: 36
Single-cell analyses unravel cell type–specific responses to a vitamin D analog in prostatic precancerous lesions
- Mohamed Abu El Maaty
- Elise Grelet
- Céline Keime
- Anna-Isavella Rerra
- Justine Gantzer
- Camille Emprou
- Julie Terzic
- Régis Lutzing
- Jean-Marc Bornert
- Gilles Laverny
- Daniel Metzger
Science Advances ; Volume: 7
MeCP2 is a microsatellite binding protein that protects CA repeats from nucleosome invasion
- Abdulkhaleg Ibrahim
- Christophe Papin
- Kareem Mohideen-Abdul
- Stéphanie Le Gras
- Isabelle Stoll
- Christian Bronner
- Stefan Dimitrov
- Bruno Klaholz
- Ali Hamiche
Science ; Volume: 372
SCA7 Mouse Cerebellar Pathology Reveals Preferential Downregulation of Key Purkinje Cell-Identity Genes and Shared Disease Signature with SCA1 and SCA2
- Anna Niewiadomska-Cimicka
- Frédéric Doussau
- Jean-Baptiste Perot
- Michel Roux
- Celine Keime
- Antoine Hache
- Françoise Piguet
- Ariana Novati
- Chantal Weber
- Binnaz Yalcin
- Hamid Meziane
- Marie-France Champy
- Erwan Grandgirard
- Alice Karam
- Nadia Messaddeq
- Aurélie Eisenmann
- Emmanuel Brouillet
- Hoa Huu Phuc Nguyen
- Julien Flament
- Philippe Isope
- ...
Journal of Neuroscience ; Volume: 41 ; Page: 4910-4936
CD4 + T cells require Ikaros to inhibit their differentiation towards a pathogenic cell fate
- Chiara Bernardi
- Gaëtan Maurer
- Tao Ye
- Patricia Marchal
- Bernard Jost
- Manuela Wissler
- Ulrich Maurer
- Philippe Kastner
- Susan Chan
- Céline Charvet
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America ; Volume: 118 ; Page: e2023172118
Nutrigenomic analyses reveal miRNAs and mRNAs affected by feed restriction in the mammary gland of midlactation dairy cows
- Pierre-Alexis Billa
- Yannick Faulconnier
- Tao Ye
- Céline Bourdon
- José Pires
- Christine Leroux
PLoS ONE ; Volume: 16
Histone H2Bub1 deubiquitylation is essential for mouse development, but does not regulate global RNA polymerase II transcription
- Fang Wang
- Farrah El-Saafin
- Tao Ye
- Matthieu Stierle
- Luc Negroni
- Matej Durik
- Veronique Fischer
- Didier Devys
- Stéphane D Vincent
- László Tora
Cell Death and Differentiation ; Volume: 28 ; Page: 2385-2403