GenomEast
GenomEast
RESPONSABLE DE PLATEFORME
Forts d'une expérience de plus de 20 ans, nous proposons une large gamme de services pour explorer les génomes, leur expression et leur régulation, du contrôle qualité des échantillons de départ jusqu'à l'analyse des données. Ces services sont destinés à l'ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée.
La plateforme est membre du noyau central de l'Infrastructure Nationale de Recherche France Génomique.
La plateforme est labellisée IBISA.
La plateforme est certifiée ISO 9001 - NF X 50-900.
Nos prestations
Nos prestations et nos recommandations sont détaillées dans les fiches produits ci-contre.
Actuellement équipés des séquenceur NextSeq 2000 Illumina et DNBSEQ-G400 de MGI, nous réalisons des projets d'analyse :
du transcriptome :
- RNA-seq
- small RNA-seq
- Single cell RNA-seq (scRNA-seq)
- Transcriptomique spatiale
de l'épigénome :
- ChIP-seq
- Cut & Run
- MeDIP-seq
- Nous avons également de l'expérience dans le séquençage de vos librairies ATAC-seq ou Cut & Tag
du génome :
- Régions ciblées du génome (exome, régions d'intérêts)
- Séquençage complet du génome
multiomique :
- Expression des gènes + ATAC en cellule unique
Pour ces projets, nous préparons et séquençons vos librairies en réalisant des contrôles qualité à chaque étape. Nous pouvons également réaliser l’analyse bioinformatique de vos données. Nous avons une expertise dans une grande variété d’applications et nous avons développé des pipelines bioinformatiques dédiés pour analyser les résultats correspondants.
Alternativement, vous pouvez utiliser notre capacité de séquençage pour séquencer vos propres libraires dans la mesure où elles sont compatibles avec la technologie Illumina.
Fiches produits
- Transcriptomique
- Epigénomique
Multiomique
- Génomique
Besoin d'aide pour le design de votre expérience ?
Consultez nos fiches produit ci-dessus ou nos schémas d’aide à la décision ci-après :
Protocoles de préparation de librairies
Séquençage
Caractéristiques de séquençage suggérées
Des questions ?
N’hésitez pas à nous contacter (prenom.nom@igbmc.fr) :
Pour les projets portant sur l’ARN : Christelle Thibault et Céline Keime
Pour les projets portant sur l’ADN : Bernard Jost et Stéphanie Le Gras
Soumettre un projet
Comment soumettre un projet à GenomEast ?
Via notre interface web
Quelle procédure suivre ?
Comment envoyer des échantillons à GenomEast ?
Tous nos services sont régis par les conditions générales de vente qui prévalent sur toutes les conditions d'achat, sauf accord écrit de notre part. Vous pouvez également consulter notre plan de gestion des données.
Formations
Nous partageons régulièrement nos connaissances et expertises à travers différents enseignements et formations, notamment :
L'UE « High Throughput Approaches » à l’Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS)
L’UE « Omique 2 » du Master 2 Biologie-Santé, parcours Recherche en Biomédecine à l’Université de Strasbourg
Le PhD Program de l’école Universitaire de Recherche IMCBio à Strasbourg
Le DU « Séquençage haut débit et maladies rares » à l'Université de Dijon
L'école de bioinformatique AVIESAN IFB Inserm
L’organisation de formations en bioinformatique pour le séquençage haut débit avec l’Inserm et le CNRS
Membres
Responsable de la plateforme
Christelle Thibault-Carpentier
Traitement des échantillons
- Bernard Jost (responsable)
- Marie Cerciat
- Amal El Amri
- Romain Kaiser
- Christelle Morgenthaler-Roth
- Damien Mouton
- Angélique Pichot
- David Rodriguez
- Serge Vicaire
Bioinformatique
- Céline Keime (responsable)
- Matthieu Jung
- Stéphanie Le Gras
- Damien Plassard
- Tao Ye
Ressources
La plateforme est équipée de technologies de pointes parmis lesquelles :
Le séquenceur haut débit NextSeq 2000 (Illumina)
Le séquenceur haut débit DNBSEQ-G400 (MGI)
La technologie en cellule unique du Chromium iX (10x Genomics)
La technologie spatial Visium CytAssist (10X Genomics)
Nos autres équipements:
- Séquençage haut débit : iSeq100 (Illumina)
- Nanofluidique haut debit : Chromium Controller (10X Genomics)
- Transcriptomique spatiale : GeoMx Digital Spatial Profiler (NanoString)
- Contrôle qualité : Flash Reader Varioskan et Qubit Fluorometer (Thermo Fisher), 2100 Bioanalyzer et Fragment Analyzer AATI (Agilent)
- Sonicateur : E220 AFA system (Covaris)
- Infrastructure informatique : calcul (Dell) : 304 cœurs, stockage (Lenovo, GPFS) : 750 To
Réseaux et financements
France Génomique
Notre plateforme est partenaire du réseau France Génomique depuis la sélection initiale du projet dans le cadre des « Investissements d'avenir » en 2011. Ce réseau rassemble et partage les ressources des principales plateformes françaises de génomique et de bioinformatique.
Fondation maladies rares
Depuis 2011, nous sommes l’une des plateformes partenaires de la Fondation Maladies Rares pour la réalisation du programme « GenOmics : séquençage à haut débit & maladies rares » visant à élucider les bases génétiques et moléculaires des maladies rares en s’appuyant sur le séquençage à haut débit.
CORTECS
Nous appartenons depuis 2021 au réseau CORTECS qui regroupe les Plateformes Scientifiques de Recherche et de Services de l’Université de Strasbourg en partenariat avec la SATT Conectus Alsace et les services du CNRS et de l'INSERM.
Notre plateforme a bénéficié d’un soutien financier de nombreux partenaires pour l’acquisition d’équipements et de technologies nécessaires à son développement et pour le financement de personnels, que nous remercions.
Nouvelles applications et technologies
Au cours des dernières années, nous avons acquis une solide expérience dans les technologies de séquençage pour cellule unique (prix « Expertises Recherche » 2021 de l’Université de Strasbourg). Nous continuons à implémenter de nouvelles applications chaque année. En parallèle, nous travaillons à la mise en œuvre de deux technologies de transcriptomique spatiale complémentaires, les technologies Visium de 10X Genomics et GeoMx de NanoString.
Publications
-
2023
-
Super-enhancer-driven expression of BAHCC1 promotes melanoma cell proliferation and genome stability
- Pietro Berico
- Maguelone Nogaret
- Max Cigrang
- Antonin Lallement
- Fatemeh Vand-Rajabpour
- Amanda Flores-Yanke
- Giovanni Gambi
- Guillaume Davidson
- Leane Seno
- Jolian Obid
- Bujamin H. Vokshi
- Stéphanie Le Gras
- Gabrielle Mengus
- Tao Ye
- Carlos Fernandez Cordero
- Mélanie Dalmasso
- Emmanuel Compe
- Corine Bertolotto
- Eva Hernando
- Irwin Davidson
- ...
Cell Reports ; Volume: 42 ; Page: 113363
-
Multi-Omics Data Integration Reveals Sex-Dependent Hippocampal Programming by Maternal High-Fat Diet during Lactation in Adult Mouse Offspring
- Thibaut Gauvrit
- Hamza Benderradji
- Alexandre Pelletier
- Soulaimane Aboulouard
- Emilie Faivre
- Kévin Carvalho
- Aude Deleau
- Emmanuelle Vallez
- Agathe Launay
- Anna Bogdanova
- Mélanie Besegher
- Stéphanie Le Gras
- Anne Tailleux
- Michel Salzet
- Luc Buée
- Fabien Delahaye
- David Blum
- Didier Vieau
Nutrients ; Volume: 15 ; Page: 4691
-
-
2022
-
Istradefylline protects from cisplatin-induced nephrotoxicity and peripheral neuropathy while preserving cisplatin antitumor effects
- Edmone Dewaeles
- Kévin Carvalho
- Sandy Fellah
- Jaewon Sim
- Nihad Boukrout
- Raphaelle Caillierez
- Hariharan Ramakrishnan
- Cynthia van der Hauwaert
- Jhenkruthi Vijaya Shankara
- Nathalie Martin
- Noura Massri
- Agathe Launay
- Joseph Folger
- Clémentine de Schutter
- Romain Larrue
- Ingrid Loison
- Marine Goujon
- Matthieu Jung
- Stéphanie Le Gras
- Victoria Gomez-Murcia
- ...
The Journal of clinical investigation ; Volume: 132 ; Page: e152924
-
Loss of autism-candidate CHD8 perturbs neural crest development and intestinal homeostatic balance
- Gaëlle Hayot
- Mathieu Massonot
- Céline Keime
- Elodie Faure
- Christelle Golzio
Life Science Alliance ; Volume: 6
-
Distinct mechanisms underlie H2O2 sensing in C. elegans head and tail
- Sophie Quintin
- Théo Aspert
- Ye Tao
- Gilles Charvin
PLoS ONE ; Volume: 17 ; Page: e0274226.
-
GnRH replacement rescues cognition in Down syndrome
- Maria Manfredi-Lozano
- Valerie Leysen
- Michela Adamo
- Isabel Paiva
- Renaud Rovera
- Jean-Michel Pignat
- Fatima Ezzahra Timzoura
- Michael Candlish
- Sabiha Eddarkaoui
- Samuel Malone
- Mauro Silva
- Sara Trova
- Monica Imbernon
- Laurine Decoster
- Ludovica Cotellessa
- Manuel Tena-Sempere
- Marc Claret
- Ariane Paoloni-Giacobino
- Damien Plassard
- Emmanuelle Paccou
- ...
Science ; Volume: 377 ; Page: eabq4515
-
The S. cerevisiae m6A-reader Pho92 promotes timely meiotic recombination by controlling key methylated transcripts
- Jérémy Scutenaire
- Damien Plassard
- Mélody Matelot
- Tommaso Villa
- Julie Zumsteg
- Domenico Libri
- Bertrand Séraphin
Nucleic Acids Research
-
TRIM28-dependent SUMOylation protects the adult ovary from activation of the testicular pathway
- Moïra Rossitto
- Stephanie Déjardin
- Chris M Rands
- Stephanie Le Gras
- Roberta Migale
- Mahmoud-Reza Rafiee
- Yasmine Neirijnck
- Alain Pruvost
- Anvi Laetitia Nguyen
- Guillaume Bossis
- Florence Cammas
- Lionel Le Gallic
- Dagmar Wilhelm
- Robin Lovell-Badge
- Brigitte Boizet-Bonhoure
- Serge Nef
- Francis Poulat
Nature Communications ; Volume: 13 ; Page: 4412
-
SUPT3H-less SAGA coactivator can assemble and function without significantly perturbing RNA polymerase II transcription in mammalian cells
- Veronique Fischer
- Vincent Hisler
- Elisabeth Scheer
- Elisabeth Lata
- Bastien Morlet
- Damien Plassard
- Dominique Helmlinger
- Didier Devys
- László Tora
- Stéphane D Vincent
Nucleic Acids Research ; Page: gkac637
-
Dual role of histone variant H3.3B in spermatogenesis: positive regulation of piRNA transcription and implication in X-chromosome inactivation
- Emeline Fontaine
- Christophe Papin
- Guillaume Martinez
- Stéphanie Le Gras
- Roland Abi Nahed
- Patrick Héry
- Thierry Buchou
- Khalid Ouararhni
- Bertrand Favier
- Thierry Gautier
- Jamal Sabir
- Matthieu Gerard
- Jan Bednar
- Christophe Arnoult
- Stefan Dimitrov
- Ali Hamiche
Nucleic Acids Research ; Volume: 50 ; Page: 7350-7366
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