GenomEast
GenomEast
RESPONSABLE DE PLATEFORME
Forts d'une expérience de plus de 20 ans, nous proposons une large gamme de services pour explorer les génomes, leur expression et leur régulation, du contrôle qualité des échantillons de départ jusqu'à l'analyse des données. Ces services sont destinés à l'ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée.
La plateforme est membre du noyau central de l'Infrastructure Nationale de Recherche France Génomique.
La plateforme est labellisée IBISA.
La plateforme est certifiée ISO 9001 - NF X 50-900.
Nos prestations
Nos prestations et nos recommandations sont détaillées dans les fiches produits ci-contre.
Actuellement équipés des séquenceur NextSeq 2000 Illumina et DNBSEQ-G400 de MGI, nous réalisons des projets d'analyse :
du transcriptome :
- RNA-seq
- small RNA-seq
- Single cell RNA-seq (scRNA-seq)
- Transcriptomique spatiale
de l'épigénome :
- ChIP-seq
- Cut & Run
- MeDIP-seq
- Nous avons également de l'expérience dans le séquençage de vos librairies ATAC-seq ou Cut & Tag
du génome :
- Régions ciblées du génome (exome, régions d'intérêts)
- Séquençage complet du génome
multiomique :
- Expression des gènes + ATAC en cellule unique
Pour ces projets, nous préparons et séquençons vos librairies en réalisant des contrôles qualité à chaque étape. Nous pouvons également réaliser l’analyse bioinformatique de vos données. Nous avons une expertise dans une grande variété d’applications et nous avons développé des pipelines bioinformatiques dédiés pour analyser les résultats correspondants.
Alternativement, vous pouvez utiliser notre capacité de séquençage pour séquencer vos propres libraires dans la mesure où elles sont compatibles avec la technologie Illumina.
Fiches produits
- Transcriptomique
- Epigénomique
Multiomique
- Génomique
Besoin d'aide pour le design de votre expérience ?
Consultez nos fiches produit ci-dessus ou nos schémas d’aide à la décision ci-après :
Protocoles de préparation de librairies
Séquençage
Caractéristiques de séquençage suggérées
Des questions ?
N’hésitez pas à nous contacter (prenom.nom@igbmc.fr) :
Pour les projets portant sur l’ARN : Christelle Thibault et Céline Keime
Pour les projets portant sur l’ADN : Bernard Jost et Stéphanie Le Gras
Soumettre un projet
Comment soumettre un projet à GenomEast ?
Via notre interface web
Quelle procédure suivre ?
Comment envoyer des échantillons à GenomEast ?
Tous nos services sont régis par les conditions générales de vente qui prévalent sur toutes les conditions d'achat, sauf accord écrit de notre part. Vous pouvez également consulter notre plan de gestion des données.
Formations
Nous partageons régulièrement nos connaissances et expertises à travers différents enseignements et formations, notamment :
L'UE « High Throughput Approaches » à l’Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS)
L’UE « Omique 2 » du Master 2 Biologie-Santé, parcours Recherche en Biomédecine à l’Université de Strasbourg
Le PhD Program de l’école Universitaire de Recherche IMCBio à Strasbourg
Le DU « Séquençage haut débit et maladies rares » à l'Université de Dijon
L'école de bioinformatique AVIESAN IFB Inserm
L’organisation de formations en bioinformatique pour le séquençage haut débit avec l’Inserm et le CNRS
Membres
Responsable de la plateforme
Christelle Thibault-Carpentier
Traitement des échantillons
- Bernard Jost (responsable)
- Marie Cerciat
- Amal El Amri
- Romain Kaiser
- Christelle Morgenthaler-Roth
- Damien Mouton
- Angélique Pichot
- David Rodriguez
- Serge Vicaire
Bioinformatique
- Céline Keime (responsable)
- Matthieu Jung
- Stéphanie Le Gras
- Damien Plassard
- Tao Ye
Ressources
La plateforme est équipée de technologies de pointes parmis lesquelles :
Le séquenceur haut débit NextSeq 2000 (Illumina)
Le séquenceur haut débit DNBSEQ-G400 (MGI)
La technologie en cellule unique du Chromium iX (10x Genomics)
La technologie spatial Visium CytAssist (10X Genomics)
Nos autres équipements:
- Séquençage haut débit : iSeq100 (Illumina)
- Nanofluidique haut debit : Chromium Controller (10X Genomics)
- Transcriptomique spatiale : GeoMx Digital Spatial Profiler (NanoString)
- Contrôle qualité : Flash Reader Varioskan et Qubit Fluorometer (Thermo Fisher), 2100 Bioanalyzer et Fragment Analyzer AATI (Agilent)
- Sonicateur : E220 AFA system (Covaris)
- Infrastructure informatique : calcul (Dell) : 304 cœurs, stockage (Lenovo, GPFS) : 750 To
Réseaux et financements
France Génomique
Notre plateforme est partenaire du réseau France Génomique depuis la sélection initiale du projet dans le cadre des « Investissements d'avenir » en 2011. Ce réseau rassemble et partage les ressources des principales plateformes françaises de génomique et de bioinformatique.
Fondation maladies rares
Depuis 2011, nous sommes l’une des plateformes partenaires de la Fondation Maladies Rares pour la réalisation du programme « GenOmics : séquençage à haut débit & maladies rares » visant à élucider les bases génétiques et moléculaires des maladies rares en s’appuyant sur le séquençage à haut débit.
CORTECS
Nous appartenons depuis 2021 au réseau CORTECS qui regroupe les Plateformes Scientifiques de Recherche et de Services de l’Université de Strasbourg en partenariat avec la SATT Conectus Alsace et les services du CNRS et de l'INSERM.
Notre plateforme a bénéficié d’un soutien financier de nombreux partenaires pour l’acquisition d’équipements et de technologies nécessaires à son développement et pour le financement de personnels, que nous remercions.
Nouvelles applications et technologies
Au cours des dernières années, nous avons acquis une solide expérience dans les technologies de séquençage pour cellule unique (prix « Expertises Recherche » 2021 de l’Université de Strasbourg). Nous continuons à implémenter de nouvelles applications chaque année. En parallèle, nous travaillons à la mise en œuvre de deux technologies de transcriptomique spatiale complémentaires, les technologies Visium de 10X Genomics et GeoMx de NanoString.
Publications
-
2021
-
Androgen receptor-mediated transcriptional repression targets cell plasticity in prostate cancer
- Eva Erdmann
- Pauline Ould Madi-Berthélémy
- Félicie Cottard
- Charlotte Zoe Angel
- Edwige Schreyer
- Tao Ye
- Bastien Morlet
- Luc Negroni
- Bruno Kieffer
- Jocelyn Ceraline
Molecular Oncology ; Volume: 16 ; Page: 2518-2536
-
Analysis of the transcriptome of bovine endometrial cells isolated by laser micro-dissection (2): impacts of post-partum negative energy balance on stromal, glandular and luminal epithelial cells
- Wiruntita Chankeaw
- Sandra Lignier
- Christophe Richard
- Theodoros Ntallaris
- Mariam Raliou
- Yongzhi Guo
- Damien Plassard
- Claudia Bevilacqua
- Olivier Sandra
- Göran Andersson
- Patrice Humblot
- Gilles Charpigny
BMC Genomics ; Volume: 22
-
Extensive NEUROG3 occupancy in the human pancreatic endocrine gene regulatory network
- Valérie Schreiber
- Reuben Mercier
- Sara Jiménez
- Tao Ye
- Emmanuel García-Sánchez
- Annabelle Klein
- Aline Meunier
- Sabitri Ghimire
- Catherine Birck
- Bernard Jost
- Kristian Honnens de Lichtenberg
- Christian Honoré
- Palle Serup
- Gérard Gradwohl
Molecular metabolism ; Volume: 53 ; Page: 101313
-
Photoreceptor cKO of OTX2 Enhances OTX2 Intercellular Transfer in the Retina and Causes Photophobia
- Pasquale Pensieri
- Annabelle Mantilleri
- Damien Plassard
- Takahisa Furukawa
- Kenneth Moya
- Alain Prochiantz
- Thomas Lamonerie
eNeuro ; Volume: 8 ; Page: ENEURO.0229-21.2021
-
Ikaros deficiency is associated with aggressive BCR-ABL1 B cell precursor acute lymphoblastic leukemia independent of the lineage and developmental origin
- Célestine Simand
- Céline Keime
- Aurélie Caye
- Chloé Arfeuille
- Marie Passet
- Rathana Kim
- Helene Cavé
- Emmanuelle Clappier
- Philippe Kastner
- Susan Chan
- Beate Heizmann
Haematologica ; Volume: 107 ; Page: 316-320
-
Ultrasound and Transcriptomics Identify a Differential Impact of Cisplatin and Histone Deacetylation on Tumor Structure and Microenvironment in a Patient-Derived In Vivo Model of Gastric Cancer
- Aina Venkatasamy
- Eric Guerin
- Anais Blanchet
- Christophe Orvain
- Véronique Devignot
- Matthieu Jung
- Alain C. Jung
- Marie-Pierre Chenard
- Benoit Romain
- Christian Gaiddon
- Georg Mellitzer
MDPI AG ; Volume: 13 ; Page: 1485
-
Sequential actions of EOMES and T-BET promote stepwise maturation of natural killer cells
- Jiang Zhang
- Stéphanie Le Gras
- Kevin Pouxvielh
- Fabrice Faure
- Lucie Fallone
- Nicolas Kern
- Marion Moreews
- Anne-Laure Mathieu
- Raphaël Schneider
- Quentin Marliac
- Mathieu Jung
- Aurore Berton
- Simon Hayek
- Pierre-Olivier Vidalain
- Antoine Marçais
- Garvin Dodard
- Anne Dejean
- Laurent Brossay
- Yad Ghavi-Helm
- Thierry Walzer
Nature Communications ; Volume: 12 ; Page: 5446
-
CDK7 and MITF repress a transcription program involved in survival and drug tolerance in melanoma
- Pietro Berico
- Max Cigrang
- Guillaume Davidson
- Cathy Braun
- Jeremy Sandoz
- Stephanie Legras
- Bujamin Hektor Vokshi
- Nevena Slovic
- François Peyresaubes
- Carlos Mario Gene Robles
- Jean‐marc Egly
- Emmanuel Compe
- Irwin Davidson
- Frédéric Coin
EMBO Reports ; Volume: 22 ; Page: e51683
-
Ultrasound and Transcriptomics Identify a Differential Impact of Cisplatin and Histone Deacetylation on Tumor Structure and Microenvironment in a Patient-Derived In Vivo Model of Gastric Cancer
- Aina Venkatasamy
- Eric Guerin
- Anais Blanchet
- Christophe Orvain
- Véronique Devignot
- Matthieu Jung
- Alain Jung
- Marie-Pierre Chenard
- Benoit Romain
- Christian Gaiddon
- Georg Mellitzer
Pharmaceutics ; Volume: 13 ; Page: 1485
-
Adhesion receptor ADGRG2/GPR64 is in the GI-tract selectively expressed in mature intestinal tuft cells
- Kaare V. Grunddal
- Sarah Tonack
- Kristoffer L. Egerod
- Jonanthan James Thompson
- Natalia Petersen
- Maja S. Engelstoft
- Constance Vagne
- Céline Keime
- Gerard Gradwohl
- Stefan Offermanns
- Thue W. Schwartz
Molecular metabolism ; Volume: 51
-