Biocristallographie
Biocristallographie
Le module de bio-cristallographie de la plate-forme de Biologie Structurale Intégrée propose des services de cristallisation à haut débit, d’analyse d’échantillons biologiques par diffraction des rayons X et par diffusion des rayons X aux petit angles (BioSAXS).
La diffraction des rayons X est une technique qui permet la résolution de structures 3D de macromolécules biologiques, telles que les protéines et les acides nucléiques, ainsi que leurs complexes à une résolution atomique. La technique permet également d’étudier des complexes avec des ligands naturels et artificiels, pour la conception de médicaments basés sur la structure et ainsi aider à comprendre les effets structurels et fonctionnels des mutations.
Le BioSAXS est une technique à basse résolution utilisée pour analyser un échantillon en solution. Il permet de donner des informations sur la forme et la taille des macromolécules et des complexes, ainsi que des informations sur les changements structurels induits par la formation de complexes, la liaison de ligands, la température, les conditions de tampon, etc.
Ingénieur(eure)s
Techniques
Cristallisation à haut débit
Le module de bio-cristallographie est entièrement équipé pour le criblage automatisé des conditions de cristallisation et l'optimisation des cristaux. Toutes les étapes du processus sont adaptables aux besoins spécifiques de chaque projet.
Le criblage peut être totalement réalisé à 20°C ou à 4°C par deux robots Mosquito Crystal nano-volume (SPT Labtech), en utilisant les techniques de diffusion de vapeur (goutte assise ou suspendue) ou le microbatch. Nous proposons des kits de criblage généralistes, issus de sources commerciales, ainsi que des kits plus ciblés, élaborés à partir de nos propres solutions stock.
Les kits d'optimisation peuvent être préparés à l'aide d'un robot de pipetage Freedom EVO 75 (Tecan).
Les boîtes contenant les essais de cristallisation sont ensuite stockées et photographiés par deux systèmes automatisés Rock Imager 1000, à 20°C et 4°C. Les images sont visualisées et annotées à distance via une interface Web. Les boîtes peuvent également être conservées à 4 °C, 20 °C et 27 °C et inspectées manuellement à l'aide de stéréo-microscopes Leica.
Diffraction des rayons X
Les données de diffraction des rayons X sont collectées sur le diffractomètre de la plate-forme. Il se compose d'un générateur de rayons X à anode rotative FR-X (Rigaku) couplé à une optique confocale Osmic VariMax HF, et d'un comptage de photons hybrides EIGER-4M (Dectris).
Les données peuvent être collectées à des températures cryogéniques ou à température ambiante sur des cristaux montés en capillaires. Il est également possible de collecter les données directement à partir de plaques de cristallisation ou de puces microfluidiques à l'aide de l'adaptateur PlateMate (Rigaku).
BioSAXS
Le générateur FR-X est aussi équipé d'un appareil BioSAXS-1000 (Rigaku) couplé à un détecteur de comptage de photons hybride PILATUS-100K (Dectris), pour la collecte de données de diffusion des rayons X aux petits angles à partir d'échantillons en solution.
Services disponibles
- Cristallisation des macromolécules à haut-débit en plaques 96 puits (diffusion de vapeur en gouttes assises ou suspendues, microbatch) à 4°C ou 20°C.
- Cristallisation manuelle en boîtes 24 ou 48 puits à 4°C, 20°C, ou 27°C.
- Préparation de screens d’optimisation, ou de screens ciblés, en boîte deep-well 96 puits.
- Prise d’images automatisée des boîtes 96 puits à 4°C ou 20°C.
- MMS (Microseed Matrix Seeding) automatisé.
- Protéolyse In-situ.
- Screen d’additifs, de pH, de liquids ioniques.
- Criblage des cristaux par diffraction des rayons X.
- Collecte des données de diffraction.
- Collecte des données de BioSAXS.
Équipements
- Robot de cristallisation nano-volume 5 positions Mosquito Crystal (SPT Labtech) à 20°C
- Robot de cristallisation nano-volume 2 positions Mosquito Crystal (SPT Labtech) à 4°C
- Robot de pipetage Freedom EVO 75 (Tecan)
- Système de visualisation automatisé RockImager 1000 (Formulatrix) à 20°
- Système de visualisation automatisé avec option UV RockImager 1000 (Formulatrix) à 4°C
- Source de rayons X à anode tournante FR-X (Rigaku)
- Détecteur à technologie hybride de comptage des photons EIGER-4M (Dectris)
- Appareil de diffusion des rayons X aux petits angles BioSAXS-1000 (Rigaku)