
Bases Moléculaires de la Régulation de la Chromatine et de la Transcription
Bases Moléculaires de la Régulation de la Chromatine et de la Transcription
Notre équipe « Bases Moléculaires de la Régulation de la Chromatine et de la Transcription » étudie les mécanismes épigénétiques eucaryotes qui sont essentiels à l’homéostasie cellulaire et au développement des organismes. Nous caractérisons notamment les bases moléculaires des mécanismes épigénétiques pour déchiffrer leur implication dans la régulation des processus nucléaires et comprendre leurs rôles physiologiques. Nous utilisons ensuite cette connaissance pour déterminer comment les mutations des effecteurs épigénétiques peuvent conduire à de nombreuses pathologies différentes. Nous mettons aussi en œuvre des stratégies pour caractériser de petites molécules inhibant ou régulant l’activité des effecteurs épigénétiques dans le but d’aider au développement de candidats-médicaments ciblant les cancers et les maladies négligées (malaria, leishmaniose, schistosomiase, maladie de Chagas).
Nos objectifs sont de combiner ces trois axes de recherche pour aider à la compréhension des maladies épigénétiques et au développement de thérapies épigénétiques. Nos études s’appuient de manière importante sur des analyses biochimiques, biophysiques et de biologie structurale. Cependant, nous développons l’ensemble de nos projets dans le cadre de stratégies de biologie intégrative qui allient analyses in vitro, in cellulo et in vivo. Si nous abordons ces deux derniers aspects principalement à l’aide de collaborations, notre but est de pouvoir intégrer de plus en plus l’ensemble de ces approches de biologie intégrative directement au sein de notre équipe. Nous utilisons notamment maintenant le modèle animal du poisson-zèbre au sein de l’équipe pour adresser nos trois axes de recherche (mécanismes, pathologies et petites molécules), et ainsi définir les relations structure/fonction de nos cibles épigénétiques.
Nos projets scientifiques étudient particulièrement trois types d’effecteurs épigénétiques : les désacétylases, les chaperons d’histones et, plus récemment, la cohésine. Bien que ces trois types d’effecteurs aient des activités distinctes, nos cibles épigénétiques principales sont toutes reliées fonctionnellement, notre but étant à terme de caractériser leurs interrelations physiques et fonctionnelles. En plus de nos thématiques biologiques épigénétiques, notre équipe développe depuis de très nombreuses années la technologie de reconstitution de complexes protéiques par multi-expression dans les hôtes bactériens. Cette technologie, et notre savoir-faire associé, soutient l’ensemble de nos projets scientifiques, mais est aussi reconnue par de nombreux laboratoires qui en ont soit fait son acquisition, soit collaborent avec notre équipe pour la mettre en œuvre. Ainsi, notre équipe est amenée à développer des projets collaboratifs ponctuels qui ouvrent en retour de nouvelles perspectives pour nos propres projets scientifiques.
Membres
Chercheur(euse)s
Doctorant(e)s
Ingénieur(eure)s
Technicien(ne)s
Financements et partenaires
Une position post-doctorale de 2 ans est à pourvoir dans notre équipe sur le projet ADAT (publication dans Nucleic Acids Research de 2021).
Pour plus d'information, merci de contacter Christophe Romier (romier(à)igbmc.fr).
Publications
2021
Species-selective targeting of pathogens revealed by the atypical structure and active site of Trypanosoma cruzi histone deacetylase DAC2
- Martin Marek
- Elizabeth Ramos-Morales
- Gisele Picchi-Constante
- Theresa Bayer
- Carina Norström
- Daniel Herp
- Policarpo Sales-Junior
- Eloise Guerra-Slompo
- Kristin Hausmann
- Alokta Chakrabarti
- Tajith Shaik
- Annika Merz
- Edouard Troesch
- Karin Schmidtkunz
- Samuel Goldenberg
- Raymond Pierce
- Marina Mourão
- Manfred Jung
- Johan Schultz
- Wolfgang Sippl
- ...
Cell Reports ; Volume: 37
The structure of the mouse ADAT2/ADAT3 complex reveals the molecular basis for mammalian tRNA wobble adenosine-to-inosine deamination
- Elizabeth Ramos Morales
- Efil Bayam
- Jordi del Pozo Rodriguez
- Thalia Salinas-Giegé
- Martin Marek
- Peggy Tilly
- Philippe Wolff
- Edouard Troesch
- Eric Ennifar
- Laurence Drouard
- Juliette Godin
- Christophe Romier
Nucleic Acids Research ; Volume: 49 ; Page: 6529-6548
Citrullination of pyruvate kinase M2 by PADI1 and PADI3 regulates glycolysis and cancer cell proliferation
- Sébastien Coassolo
- Guillaume Davidson
- Luc Negroni
- Giovanni Gambi
- Sylvain Daujat
- Christophe Romier
- Irwin Davidson
Nature Communications ; Volume: 12
2020
Design, synthesis, and biological evaluation of dual targeting inhibitors of histone deacetylase 6/8 and bromodomain BRPF1
- Ehab Ghazy
- Patrik Zeyen
- Daniel Herp
- Martin Hügle
- Karin Schmidtkunz
- Frank Erdmann
- Dina Robaa
- Matthias Schmidt
- Elizabeth Morales
- Christophe Romier
- Stefan Günther
- Manfred Jung
- Wolfgang Sippl
European Journal of Medicinal Chemistry ; Volume: 200 ; Page: 112338
2019
Structure‐Based Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Triazole‐Based smHDAC8 Inhibitors
- Dmitrii Kalinin
- Sunit Jana
- Maxim Pfafenrot
- Alokta Chakrabarti
- Jelena Melesina
- Tajith Shaik
- Julien Lancelot
- Raymond Pierce
- Wolfgang Sippl
- Christophe Romier
- Manfred Jung
- Ralph Holl
ChemMedChem ; Volume: 15 ; Page: 571-584
One-Atom Substitution Enables Direct and Continuous Monitoring of Histone Deacylase Activity
- Matthes Zessin
- Zsófia Kutil
- Marat Meleshin
- Zora Nováková
- Ehab Ghazy
- Diana Kalbas
- Martin Marek
- Christophe Romier
- Wolfgang Sippl
- Cyril Bařinka
- Mike Schutkowski
Biochemistry ; Volume: 58 ; Page: 4777-4789
Structure–Reactivity Relationships on Substrates and Inhibitors of the Lysine Deacylase Sirtuin 2 from Schistosoma mansoni ( Sm Sirt2)
- Daria Monaldi
- Dante Rotili
- Julien Lancelot
- Martin Marek
- Nathalie Wössner
- Alessia Lucidi
- Daniela Tomaselli
- Elizabeth Ramos-Morales
- Christophe Romier
- Raymond Pierce
- Antonello Mai
- Manfred Jung
Journal of Medicinal Chemistry ; Volume: 62 ; Page: 8733-8759
Synthesis and Biological Investigation of Phenothiazine-Based Benzhydroxamic Acids as Selective Histone Deacetylase 6 Inhibitors
- Katharina Vögerl
- Nghia Ong
- Johanna Senger
- Daniel Herp
- Karin Schmidtkunz
- Martin Marek
- Martin Müller
- Karin Bartel
- Tajith Shaik
- Nicholas Porter
- Dina Robaa
- David Christianson
- Christophe Romier
- Wolfgang Sippl
- Manfred Jung
- Franz Bracher
Journal of Medicinal Chemistry ; Volume: 62 ; Page: 1138-1166
2018
Characterization of Histone Deacetylase 8 (HDAC8) Selective Inhibition Reveals Specific Active Site Structural and Functional Determinants
- Martin Marek
- Tajith Shaik
- Tino Heimburg
- Alokta Chakrabarti
- Julien Lancelot
- Elizabeth Ramos-Morales
- Cyrielle da Veiga
- Dmitrii Kalinin
- Jelena Melesina
- Dina Robaa
- Karin Schmidtkunz
- Takayoshi Suzuki
- Ralph Holl
- Eric Ennifar
- Raymond Pierce
- Manfred Jung
- Wolfang Sippl
- Christophe Romier
Journal of Medicinal Chemistry ; Volume: 61 ; Page: 10000-10016
Novel spiroindoline HDAC inhibitors: Synthesis, molecular modelling and biological studies
- Margherita Brindisi
- Johanna Senger
- Caterina Cavella
- Alessandro Grillo
- Giulia Chemi
- Sandra Gemma
- Dora Mariagrazia Cucinella
- Stefania Lamponi
- Federica Sarno
- Concetta Iside
- Angela Nebbioso
- Ettore Novellino
- Tajith Baba Shaik
- Christophe Romier
- Daniel Herp
- Manfred Jung
- Stefania Butini
- Giuseppe Campiani
- Lucia Altucci
- Simone Brogi
European Journal of Medicinal Chemistry ; Volume: 157 ; Page: 127-138
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Actualités

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