
Organisation spatiale du génome
Organisation spatiale du génome
Les recherches que nous faisons au sein de notre équipe se concentrent sur la compréhension de la relation entre la configuration en trois dimensions du génome et ses sorties fonctionnelles telles que la transcription génique. Les recherches antérieures des membres de l’équipe ont montré que le génome est organisé en modules nettement repliés, ou «domaines topologiques», qui reflètent étroitement les motifs de marques épigénétiques (par exemple des modifications des histones) sur la fibre de chromatine sous-jacente. Ceci suggère un rapport étroit entre l'expression des gènes et des la configuration de chromosomes, bien qu'il soit difficile de savoir si la structure de la chromatine est une cause ou une conséquence de l'activité des gènes. En utilisant le développement des lymphocytes T et des cellules ES de souris comme systèmes modèles, nous étudions les conformations du génome à travers l’épigénétique à grande échelle et les changements d’expression des gènes accompagnant la différenciation cellulaire. Notre objectif est de déterminer si, et comment, la configuration du chromosome peut influencer la transcription. Notre travail va montrer comment les programmes de gènes peuvent être régulés de manière coordonnée, mais qui fourniront également un aperçu de pathologies telles que les cancers, et en concevant les domaines de la chromatine autonomes, pouvant également fournir des outils pour la thérapie génique.
Membres
Chercheur(euse)s
Ingénieur(eure)s
Publications
2021
Age-related and disease locus-specific mechanisms contribute to early remodelling of chromatin structure in Huntington’s disease mice
- Rafael Alcalá-Vida
- Jonathan Seguin
- Caroline Lotz
- Anne Molitor
- Ibai Irastorza-Azcarate
- Ali Awada
- Nezih Karasu
- Aurélie Bombardier
- Brigitte Cosquer
- Jose Luis Gomez Skarmeta
- Jean-Christophe Cassel
- Anne-Laurence Boutillier
- Thomas Sexton
- Karine Merienne
Nature Communications ; Volume: 12 ; Page: 364
Precise measurements of chromatin diffusion dynamics by modeling using Gaussian processes
- Guilherme Oliveira
- Attila Oravecz
- Dominique Kobi
- Manon Maroquenne
- Kerstin Bystricky
- Thomas Sexton
- Nacho Molina
Nature Communications ; Volume: 12 ; Page: 6184
Precise measurements of chromatin diffusion dynamics by modeling using Gaussian processes
- Guilherme Monteiro Oliveira
- Attila Oravec
- Dominique Kobi
- Manon Maroquenne
- Kerstin Bystricky
- Thomas Sexton
- Nacho Molina
Nature Communications ; Volume: 12
4C-Seq: Interrogating Chromatin Looping with Circular Chromosome Conformation Capture
- Nezih Karasu
- Thomas Sexton
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) ; Volume: 2157 ; Page: 19-34
Assessment of 3D Interactions Between Promoters and Distal Regulatory Elements with Promoter Capture Hi-C (PCHi-C)
- Nezih Karasu
- Thomas Sexton
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) ; Volume: 2351 ; Page: 229-248
2020
Alternative Enhancer Usage and Targeted Polycomb Marking Hallmark Promoter Choice during T Cell Differentiation
- Muhammad Ahmad Maqbool
- Léo Pioger
- Amal Zine El Aabidine
- Nezih Karasu
- Anne Marie Molitor
- Lan T M Dao
- Guillaume Charbonnier
- Francois van Laethem
- Romain Fenouil
- Frederic Koch
- Georges Lacaud
- Ivo Gut
- Marta Gut
- Sebastian Amigorena
- Olivier Joffre
- Thomas Sexton
- Salvatore Spicuglia
- Jean-Christophe Andrau
Cell Reports ; Volume: 32
2017
Single-cell absolute contact probability detection reveals chromosomes are organized by multiple low-frequency yet specific interactions
- Diego Cattoni
- Andrés M Cardozo Gizzi
- Mariya Georgieva
- Marco Di Stefano
- Alessandro Valeri
- Delphine Chamousset
- Christophe Houbron
- Stephanie Déjardin
- Jean-Bernard Fiche
- Inma González
- Jia-Ming Chang
- Thomas Sexton
- Marc A Marti-Renom
- Frederic Bantignies
- Giacomo Cavalli
- Marcelo Nollmann
Nature Communications ; Volume: 8 ; Page: 1753
Detecting Spatial Chromatin Organization by Chromosome Conformation Capture II: Genome-Wide Profiling by Hi-C
- Matteo Viettri Rudan
- Suzana Hadjur
- Thomas Sexton
Methods in Molecular Biology ; Volume: 1589 ; Page: 47-74