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Organisation spatiale du génome

Organisation spatiale du génome

DÉPARTEMENT

Génomique fonctionnelle et cancer

CHEF D'ÉQUIPE

Thomas SEXTON

Chaque cellule du corps humain doit compacter deux mètres d'ADN dans un noyau d'environ dix micromètres, ce qui équivaut à faire tenir la Tour Eiffel dans une pièce de un centime. D'une manière ou d'une autre, ceci est réalisé de façon à ce que les gènes nécessaires à chaque cellule soient accessibles à la machinerie pour leur activation. Notre équipe combine des approches génomiques (tels qu Hi-C et ses variantes), l'édition du génome par CRISPR-Cas9 et la microscopie à haute résolution temporelle pour disséquer l'organisation du génome dans l'espace et le temps, et pour voir comment elle est responsable du contrôle de l'expression des gènes.

Twitter : @TomSexton_lab

Membres

Chercheur(euse)s

Doctorant(e)s

Ingénieur(eure)s

Collaborateur(trice)s occasionnel(le)s

Projets en cours

Nous nous intéressons à tous les aspects de l'organisation 3D ou 4D du génome qui influencent l'expression des gènes, mais nos recherches actuelles peuvent être divisées en deux axes principaux :

  1. Des approches de biologie moléculaire à l'échelle du génome (par exemple Capture Hi-C) pour caractériser les changements épigénomiques accompagnant les transitions développementales et les réponses aux traitements chimiothérapeutiques.
  2. L’étiquetage de loci génomiques spécifiques et leur suivi en temps réel pour voir comment la mobilité de la chromatine affecte (et est affectée par) la transcription et les réponses de réparation de l'ADN.

 

Notre première tentative de modélisation du noyau des cellules souches.

Collaborations et réseaux

A l’IGBMC

  • Nacho Molina
  • Daniel Metzger

A Strasbourg

  • Karine Merienne (Laboratoire de Neurosciences Cognitives et Adaptives)
  • Jean-Noel Freund/Claire Domon-Dell (Interface de Recherche Fondamentale et Appliquée Research en Cancerologie)

En France

  • Kerstin Bystricky (Centre de Biologie Intégrative, Toulouse)
  • Christophe Ginestier/Emmanuelle Charafe-Jauffret (Centre de Cancérologie de Marseille, Marseille)
  • Mounia Lagha (Institut de génétique moléculaire, Montpellier)
  • Reini Luco (Institut Curie, Paris)
  • Salvatore Spicuglia (Théories and Approches de la complexité génomique, Marseille)
  • Jean-Christophe Andrau (Institut de génétique moléculaire, Montpellier)
  • Daniel Jost (Ecole Normale Superieur, Lyon)

A l’international

  • Jennifer Mitchell (University of Toronto, Canada)
  • Tineke Lenstra (National Cancer Institute, Netherlands)
  • Akis Papantonis (University of Goettingen, Germany)
  • Evi Soutoglou (Genome Damage and Stability Centre, UK)

Financements et partenaires

ERC Starting Grant 2015-2021;
ATIP-Avenir 2014-2017;
ANR; INCa; USIAS

Prix/Distinctions

Prix Claude Paoletti, 2015

Ressources

Voir nos outils Github

Pour l’analyse et l’exploration de Capture Hi-C (ChiCMaxima)

Pour l’exploration des données de 4C (4See)

Pour la mesure des propriétés de diffusion à partir des résultats d’imagerie en temps réél (GPTool)

Publications

Génomique fonctionnelle et cancer - Recherche contre le cancer